Choć pierwszy kościół w Niegowonicach nie przetrwał do naszych czasów, zachował się wizerunek fundatora tej świątyni dziedzica Franciszka Grabiańskiego. Budowę kościoła pod wezwaniem św. Franciszka z Asyżu rozpoczęto w 1802 r. Kościół posiadał jedną nawę, a dach został przykryty gontem. Przylegała do niego dzwonnica z barokowym hełmem. I to prawdopodobnie było przyczyną nieszczęścia. Kościół spłonął w kwietniu 1909 r. W rok później mieszkańcom udało się odbudować świątynię.