Posługę duszpasterską wśród miejscowych wiernych pełni 459 kapłanów diecezjalnych i 761 zakonnych, wspieranych przez 135 braci i 4282 siostry zakonne, a do kapłaństwa przygotowuje się 35 seminarzystów. Kościół w Japonii dzieli się trzy prowincje (metropolie), w których skład wchodzi tyleż archidiecezji i 15 diecezji. Mimo swej niewielkiej liczebności prowadzi on 828 instytucji oświatowo-wychowawczych różnego szczebla (szkoły podstawowe, średnie i wyższe i inne placówki) oraz 653 instytucje dobroczynne. Liczba katolików niestety maleje, gdyż jeszcze 10 lat temu, w 2014, było ich tam ponad 20 tys. więcej (439725). Lekki wzrost odnotowały jedynie diecezje: Saitama, Naha i Nagoja.

W obliczu prawie półmilionowej rzeszy katolików-obcokrajowców i wyzwań dnia codziennego Kościół podjął misję przyjmowania imigrantów, wspolnego odnawiania społeczeństwa japońskiego oraz podążania ku wielokulturowemu społeczeństwu i wspólnocie kościelnej. Jednocześnie tak liczna obecność wiernych cudzoziemskich stanowi dodatkowe wyzwanie dla Kościoła miejscowego, który pamięta o zachowaniu katolickiej tożsamości japońskiej. Posługa duszpasterska wobec Japończykóów i obcokrajowców wymaga rozeznania i mądrości a "współżycie wielokulturowe", oparte na jedności w Jezusie Chrystusie, jest zawsze zobowiązaniem wspólnotowym i punktem docelowym.

Konstytucja japońska zapewnia w art. 20 wszystkim obywatelom wolność wyznania, a do głównych religii należą: sintoizm wyznawany przez 51,8 proc. mieszkańców i buddyzm różnych szkół (34,9 proc.). Chrześcijanie różnych wyznań, przede wszystkim protestanci rozmaitych odłamów i katolicy, to 1,2 proc. miejscowej ludności, poza tym są tam niewielkie skupiska muzułmanów, w większości imigrantów ale też znaczący odsetek Japończyków deklaruje się jako "niereligijni".

Ewangelizacja Japonii ma konkretny początek - 15 sierpnia 1549, gdy na archipelagu wylądował św. Franciszek Ksawery, który przybył tam z Malakki na południu Półwyspu Malajskiego. Pierwsza wspólnota chrześcijańska powstała na Kiusiu - najbardziej południowej spośród czterech wielkich wysp japońskich. Po wyjeździe tego wybitnego jezuity-misjonarza jego dzieło prowadził dalej jego włoski współbrat zakonny o. Alessandro Valignano (1539-1606). Oprócz duchowych synów św. Ignacego Loyoli na wyspy przybywali też franciszkanie, głównie włoscy. Misjonarze zagraniczni, którzy docierali tam od południa, przypływali łodziami w ciemnym kolorze (aby odróżnić się od bambusowych statków japońskich na ogół w jaśniejszych barwach), byli nazywani "Nan Ban", czyli "barbarzyńcy z Południa", miejscowi uważali ich bowiem za prostaków i niewykształconych choćby dlatego, że nie stosowali się do zwyczajów i obyczajów tego kraju.

Kilkadziesiąt lat intensywnej i owocnej działalności misyjnej, prowadzonej przez kapłanów i barci z Europy sprawilo, że pod kkoniec XVI wieku liczba katolików japońskich przekroczyła 300 tysięcy, toteż już w 1588 Stolica Apostolska ustanowiła tam pierwszą diecezję - Funay, której głównym ośrodkiem stalo się portowe miasto Nagasaki. Misjonarze włoscy w swych działaniach kierowali się zasadami wypracowanymi przez ks. Valignano w jego podstawowym dziele "Ceremoniał dla misjonarzy w Japonii". W 1582 jezuici japońscy odbyli podróż do Europy, aby zaświadczyć o otwartości swego narodu na wiarę chrześcijańską. Czteroosobowa delegacja przybyła najpierw do Wenecji, następnie odwiedziła Lizbonę i wreszcie zjawiła się w Rzymie, kończąc tam swą wyprawę. Przyjął ich tam Grzegorz XIII, który 10 kwietnia 1585 zmarł, po czym goście z Japonii poznali jeszcze jego następcę - Sykstusa V (1585-90) i w roku jego śmierci (1590) powrócili do swej ojczyzny.

Podczas ich nieobecności w Japonii zmienił się stosunek władz do chrześcijan, gdyż wielu możnowładców obawiało się rosnących wpływów misjonarzy, przede wszystkim jezuitów, na dworze cesarskim. W 1587 wydano dekret zmuszający misjonarzy zagranicznych do opuszczenia wysp, a gdy pozostali oni na miejscu i potajemnie rozwijali swą działalność, rozpoczęły się krwawe prześladowania. Symboliczną datą jest tu 5 lutego 1597, gdy ukrzyżowano 26 chrześcijan: 6 franciszkanów, 3 jezuitów i 17 miejsowych świeckich. W 1614 zakazano chrześcijanom wyznawania ich wiary. 14 maja tegoż roku odbyła się ostatnia procesja ulicami Nagasaki, która objęła 11 kościołów tego miasta, później całkowicie zniszczonych. Ludzie długo sprzeciwiali się tym niesprawiedliwym przepisom, np. w okresie 1637-38 w mieście Shimabara koło Nagasaki doszło do buntu chłopów, później na jego czele stanął chrześcijanin-samuraj Amakuso Shiro, na które władze odpowiedziały w okrutny sposób: zginęło, według różnych ocen, ok. 40 tys. miejscowych chrześcijan.

W 1641 szogun Tokugawa Iemitsu wydał dekret, znany później jako "Sakoku", czyli "Zamknięty [Pancerny] Kraj", który zabraniał Japończykom wszelkich kontaktów z cudzoziemcami. Wyznawcy Chrystusa, którzy tam mimo wszystko przetrwali, stworzyli w ukryciu własną obrzędowość, nawet własny język, niezrozumiały dla innych. W 1644 stracono na wyspach ostatniego kapłana, jaki jeszcze zdołał przeżyć do tego czasu.

Przez 2,5 wieku Japonia pozostawała niemal szczelnie zamknięta na świat zewnętrzny i tylko Nagasaki był jedynym portem, do którego mogły przybijać statki z towarami z Europy. Samo miasto, jego okoliice i pobliskie wyspy zapewniały jakieś schronienie dla tych nielicznych chrześcijan, którzy przetrwali. Pozbawieni księży i świątyń zdołali zachować wiarę w głębokiej konspiracji. Na czele takiej wspólnoty stał szef wioski, wierni zachowywali święta zgodnie z kalendarzem chrześcijańskim, przechowywano święte księgi a katecheci uczyli dzieci, odbywąły się chrzty, odpowiednio przygotowane w takich warunkach osoby odwiedzały rodziny chrześcijańskie, zwłaszcza w niedziele, głosząc im Dobrą Nowinę, przestrzegano postów i innych wymogów wiary.

Pierwszym oficjalnie mianowanym przez papieża wikariuszem apostolskim Japonii był w latach 1846-52 francuski kapłan ks. Théodore-Augustin Forcade, który jednak nie mógł pełnić swego urzędu na miejscu z powodu zakazu wjazdu do tego kraju i został później biskupem francuskiej diecezji Nevers. W 1858, wkrótce po objawieniach Matki Bożej w Lourdes, Jej kult zaczął się szerzyć także w Japonii. Wcześniej, w 1853, pod naciskiem Stanów Zjednoczonych Japonia otworzyła się na świat i - chociaż nawrócenia na chrześcijaństwo nadal były zakazane - zaczęli tam przybywać misjonarze różnych wyznań. W 1862 Pius IX kanonizował 26 męczenników z 1597 a w rok później misjonarze francuscy wznieśli w Nagasaki kościół ku ich czci. Ruch Odnowy Meiji w 1871 przywrócił pełną wolność religijną, uznając prawo chrześcijan do istnienia. 24 lutego 1873 rząd unieważnił dekret z 1614, zakazujący wyznawania wiary Chrystusowej.

16 lipca 1927 Pius XI mianował pierwszego rodzimego biskupa w osobie ks. Januariusa Kyunosuke Hayasaka, ustanawiając go ordynariuszem diecezji (od 1959 archidiecezji) Nagasaki. W 1930 misję ewangelizacji tego kraju podjął polski franciszkanin konwentualny św. o. Maksymilian Maria Kolbe i kilku jego współbraci zakonnych. Dzieła, które wówczas stworzył na wyspach, przetrwały, a nawet rozwinęły się i trwają do dzisiaj. Jednym z owoców tej działalności była utworzona w latach pięćdziesiątych "Wioska Mrówek" (Arinomachi), dająca schronienie biednym i wydziedziczonym ofiarom wojny. Opieką nad przebywającymi tam dziećmi wyróżniła się Elizabeth Mary Satoko Kitahara (1929-58), ogłoszona 22 stycznia 2015 Sługą Bożą.

W dniach 23-26 lutego 1981 Japonia po raz pierwszy gościła papieża - św. Jana Pawła II, który odwiedził wówczas Tokio, Hiroszimę i Nagasaki. W następstwie wezwania do pojednania i pokoju, jakie wygłosił wówczas 25 lutego, tamtejszy episkopat zorganizował "Dziesięć dni dla pokoju" (Ten days for Peace) - ciąg corocznych wydarzeń dla upamiętnienia ofiar bomb atomowych zrzuconych na Hiroszimę i Nagasaki w sierpniu 1945. Cykl ten objął wszystkie diecezje japońskie i jest otwarty na wszystkie religie i wyznania.

Japonia ma własny spis obiektów i zabytków, przedstawionych UNESCO w celu wpisania ich na listę światowego dziedzictwa kulturalnego. Znalazło się tam 47 budynków, wzniesionych między rokiem 1864 (kościół w Oura, zbudowany według projektu misjonarza francuskiego Pierre-Théodore'a Fraineau) a 1938, jak również nowa katedra w Urakami z 1959 i kościół 26 Męczenników, zbudowany w 1962 r. 24 listopada 2008 ówczesny prefekt Kongregacji Spraw Kanonizacyjnych kard. José Saraiva Martins beatyfikował w Nagasaki jezuitę japońskiego Piotra Kibego i jego 187 towarzyszy - świeckich, zamęczonych za wiarę w latach 1603-39.

W dniach 23-26 listopada 2019 Franciszek jako drugi biskup Rzymu przebywał w Japonii, gdzie m.in. spotkał się z cesarzem Naruhito, wygłosił przemówienia potępiające możność użycia broni jądrowej i złożył hołd miejscowym męczennikom. Ta podróż apostolska bardzo wzmocniła wizerunek Kościoła katolickiego w japońskich środowiskach politycznych, intelektualnych i kulturalnych, a przeciętni obywatele mogli wyraźnie odróżnić Kościół od innych licznych w tym kraju wspólnot chrześcijańskich.