Pochodzący z Sewilli w południowej Hiszpanii kard.Ayuso, był członkiem misyjnego zakonu kombonianów. Przed powołaniem do Rzymu pracował m.in. w Chartumie i Kairze. Był uważany za jednego z najwybitniejszych ekspertów Watykanu w dziedzinie islamu.

W 2012 roku został mianowany przez papieża Benedykta XVI. sekretarzem ówczesnej Papieskiej Rady ds. Dialogu Międzyreligijnego. W 2019 roku papież Franciszek mianował go przewodniczącym Papieskiej Rady ds. Dialogu Międzyreligijnego i nadał mu godność kardynała. Kard. Ayuso odegrał wiodącą rolę w opracowywaniu ważnych dokumentów dialogu między Watykanem a autorytetami nauczycielskimi islamu. W ostatnich latach wielokrotnie odwiedzał m.in. Austrię jako przedstawiciel Stolicy Apostolskiej w Centrum Dialogu Międzyreligijnego i Międzykulturowego Króla Abdullaha KAICIID, które w latach 2012-2022 miało swoją siedzibę w Wiedniu.

Po śmierci kard. Ayuso Kolegium Kardynalskie liczy 232 członków. 120 z nich ma mniej niż 80 lat i ma prawo udziału w ewentualnym wyborze papieża.7 grudnia Ojciec Święty ustanowi 21 nowych kardynałów, w tym 20 poniżej 80. roku życia.