Historia ostatniej audiencji prywatnej, której udzielił Jan XXIII, łączy się z osobą kard. Stefana Wyszyńskiego. Otóż 20 maja 1963 r. Jan XXIII przyjął wyjeżdżającego z Rzymu kard. Wyszyńskiego, mimo że wszystkie audiencje były odwołane. To była jego ostatnia audiencja. Fakt ten Papież Dobroci zanotował w swoim „Dzienniku duszy” pod datą 20 maja 1963 r.: „O drogi święty mój Bernardino, ulubiony pośród moich świętych. Ze słodkością twojego wspomnienia przyniosłeś mi liczne znaki ciągłego wielkiego cierpienia fizycznego, które mnie nie opuszcza i każe mi wiele myśleć i cierpieć. Tego ranka trzeci raz ucieszyłem się przyjęciem Komunii św. otrzymanej w łóżku, zamiast radości celebracji Mszy św. Cierpliwości, cierpliwości. Nie mogłem odmówić przyjęcia na wizycie pożegnalnej kard. Wyszyńskiego, prymasa Polski, arcybiskupa Gniezna i Warszawy, z czterema jego biskupami powracającymi do Ojczyzny. Towarzyszą mi zawsze z wielką miłością bliscy mi: kard. Cicognani, mons. Capovilla, brat Belotti Federico i domownicy” (tłum. M. F.).

O tym spotkaniu napisał również w swoim dzienniku kard. Loris Capovilla, ówczesny sekretarz Jana XXIII. „Jest zmęczony. Przyjmuje mons. Dell’Acqua. W agendzie umieszczona jest audiencja kard. Wyszyńskiego. Zwróciłem się do papieża: «Możecie przyjąć go, z osobami towarzyszącymi, w pokoju sypialnym; będzie czuł się uhonorowany z powodu takiego zaufania». Odpowiedział: «Nie jesteśmy aż tak bardzo słabi; a nawet jeśli miałbym umrzeć podczas audiencji, och, jakże byłaby to piękna śmierć!». Będzie to właśnie ostatnia audiencja jego pontyfikatu. Czułość, którą obdarowuje synów Polski, jest esejem jego miłości dla wszystkich ludzi ziemi. «Do zobaczenia we wrześniu», powiedział kardynał, żegnając się. Na co Papież, uśmiechając się tak jak w momentach szczęśliwych swoich spontanicznych rozmów, odpowiedział: «We wrześniu znajdziecie albo mnie, albo innego papieża. W miesiąc, wiecie o tym, dzieje się wszystko: pogrzeb jednego, wybór drugiego». Zakończył: «Gdyby nie było tak zwanego protokołu, chciałbym towarzyszyć wam, przynajmniej tym razem, aż do Bramy Spiżowej»” (tłum. M. F.). Ten fragment „Dziennika Capovilli” umieszczony został w przypisie do włoskich wydań „Dziennika duszy” Jana XXIII z 1989 r., 2000 r. i 2003 r.

Cennym świadectwem tego ostatniego spotkania z papieżem Janem XXIII są również zapiski „Pro memoria” kard. Stefana Wyszyńskiego. „Ojciec Święty jest ciężko chory. Dziś już nikogo nie przyjmuje. Nie odprawiał nawet Mszy św. Na wieść jednak, że biskupi polscy odjeżdżają do kraju, powiedział: «Nie mogę sobie odmówić tej radości, aby przyjąć i pożegnać biskupów polskich». Wprost z łóżka udaje się na spotkanie z nami. O godzinie 11.15 w Watykanie oczekujemy na przyjęcie u Ojca Świętego. Ponieważ zastrzeżono, że tylko biskupi z Polski będą przyjęci, nie zapraszamy ze sobą nikogo. Abp Kominek zapragnął mieć przy sobie ks. Franio z Fryburga, którego święcił papież w Paryżu, abp Baraniak – swego studenta z Poznania, a ja – ks. Padacza. Usprawiedliwiamy się mons. Nasalli Rocca, który przyjmuje to z wyrozumiałością. Przychodzi mons. Capovilla smutny, zmęczony. W prywatnej rozmowie zapewniam go, że Polska modli się, aby Jan XXIII mógł dokończyć sobór. Mons. Capovilla daje do zrozumienia, że nie ma nadziei na zdrowie papieża. Proces się posuwa i jest nieodwracalny. Prosi o dyskrecję. Prosi także, abym zapewnił Ojca Świętego, że jesteśmy z nim. (...) O godzinie 11.20 zostaję zaproszony do Ojca Świętego na prywatną rozmowę, która trwa do 12.10. Zastaję Ojca Świętego w stanie znacznie gorszym niż w baszcie San Giovanni. Widać znaczny spadek wagi, postępujące wychudzenie twarzy i wzrastającą bladość. Siadamy. Papież powoli się ożywia. (...) Rozmowa przechodzi na osobiste sprawy papieża. Ojciec Święty otwiera mi swoje serce i mówi o swojej duszy, ale tego nie chcę tutaj zapisywać. Patrzy ze wzruszającą pokorą – wolę to wszystko zostawić między nim a Bogiem, który w tej chwili jest obecny w wyczuwalny sposób. (...) Zwracam uwagę, że oczekują na błogosławieństwo Ojca Świętego abp Baraniak i abp Kominek, a także bp Jop. Jednak papież wciąż się nie spieszy. Chce przedłużyć tę rozmowę w cztery oczy. Boję się, bym nie wyczerpał jego sił. Wstaję pierwszy. Proszę, aby pobłogosławił krzyż dla bp. Majdańskiego, mojego ucznia, i dla prał. Mączyńskiego. Ojciec Święty dotyka krzyża i błogosławi potrójnym znakiem. (...) Przy pożegnaniu życzymy Ojcu Świętemu zdrowia, aby mógł dokończyć sobór. (...)

Próbujemy być opanowani, ale wszystkich nas ogarnia wzruszenie. Jest to taki moment, że wyraz wybladłej twarzy Ojca Świętego ujawnia nam całą chrześcijańską głębię tego człowieka, żyjącego z wiary. Powoli wszyscy wychodzimy. Pozostaję w drzwiach. Ojciec Święty idzie za nami. Wszystkich całuje w policzki. Mnie ściska ostatniego, długo trzymając za ręce i patrząc z miłością w oczy. Klękam i ze czcią całuję jego dłonie. Odnoszę wrażenie, jak gdyby to było pożegnanie św. Pawła w Efezie. Papież cofa się z progu do biblioteki. Pozostajemy w antykamerze, otoczeni ludźmi bliskimi Ojcu Świętemu. Wszyscy są smutni. Biskupi wyrażają przekonanie, że jest to ostatnie pożegnanie z Janem XXIII” (Kard. Stefan Wyszyński, „Pro memoria”, za: Marian P. Romaniuk, „Życie, twórczość i posługa Stefana Kardynała Wyszyńskiego Prymasa Tysiąclecia”, tom II, 1956-65, Warszawa 1996, s. 486-488).

Warto zaznaczyć, że pierwsze wydanie „Dziennika duszy” z 1964 r. kończyło się na zapiskach z roku 1962. Kolejne włoskie wydanie zapisków bł. Jana XXIII z 1989 r. zawiera też notatki Papieża Dobroci z 1963 r., łącznie z ostatnim zapisem, dotyczącym audiencji udzielonej kard. Wyszyńskiemu. Szkoda, że polskie wydanie „Dziennika duszy”, przygotowane przez wydawnictwo Znak na beatyfikację Jana XXIII w 2000 r., nie uwzględniło tych notatek z włoskiego wydania. Mamy jednak nadzieję, że następne polskie wydanie „Dziennika duszy” będzie zawierać notatki Jana XXIII z 1963 r., tak ważne dla dziejów Kościoła w Polsce.