Krzyżowanie zaczęto prawdopodobnie praktykować w Persji. Następnie zwyczaj ten został przejęty przez Kartagińczyków i Rzymian. Dariusz I (ok. 550-485 r. przed Chr.), władca Persji, polecił ukrzyżować w Babilonie 3 tys. swoich politycznych oponentów. W Palestynie do tego rodzaju egzekucji dochodziło już przed zajęciem jej przez Rzymian. Około 90 r. przed Chr. na rozkaz Aleksandra Janneusza, żydowskiego króla i arcykapłana, jednego dnia ukrzyżowano 800 zbuntowanych przeciwko niemu faryzeuszy. Śmierć przez ukrzyżowanie wiąże się jednak najściślej z okresem rządów rzymskich. Taka kara była stosowana zwłaszcza wobec niewolników. Jej szczególne okrucieństwo miało odstraszać, dlatego też w przypadku zdrady Cesarstwa wymierzano ją nawet obywatelom rzymskim. Po tę formę kary sięgano w przypadkach buntu wobec Rzymu lub wzniecania politycznych rozruchów w prowincjach Imperium Rzymskiego. Z dzieła żydowskiego historyka Józefa Flawiusza „Wojna żydowska” dowiadujemy się, że w czasach, kiedy rzymskim prokuratorem Judei był Florus (64-66 r.): „Żołnierze dopuszczali się rabunków na wszelki sposób, a wielu spokojnych obywateli pojmali i przyprowadzili do Florusa. Ten kazał ich najpierw biczować, a potem ukrzyżować. Ogólna liczba ofiar owego dnia wynosiła łącznie z kobietami i dziećmi – nie szczędzono bowiem nawet nieletnich – około sześćset trzydzieści. Tragedię spotęgował jeszcze inny rodzaj okrucieństwa Rzymian. Florus bowiem poważył się na czyn, którego nikt przedtem nie popełnił – kazał przed swoim trybunałem biczować mężów rycerskiego stanu i przybić ich do krzyża”. Flawiusz podaje również, że podczas oblężenia Jerozolimy (70 r.) przez Tytusa: „Tedy chłostano ich i poddawano przed śmiercią różnym torturom, a w końcu rozpinano na krzyżu. […] Zionąc złością i nienawiścią, żołnierze nawet dla zabawy przybijali pochwyconych do krzyża w różnych położeniach, a było ich tak wielu, że miejsca brakowało na krzyże, a krzyżów dla rozpinania ciał”.

Chociaż ukrzyżowano wielu ludzi, znaleziono szczątki tylko jednej ukrzyżowanej osoby z pierwszej połowy I wieku. Były to kości młodego mężczyzny imieniem Jehóhanan w wieku około 25-30 lat oraz żelazny gwóźdź o długości 11 cm z kawałkiem kości piętowej i resztki drewna. Odkrycia tego dokonano w 1968 r. w Giv’at haivtar w północno-wschodniej części dzisiejszej Jerozolimy. Wyniki badań pozwalają poznać wiele szczegółów dotyczących krzyżowania w czasach Pana Jezusa.

Według rzymskiego prawa, skazaniec, którego najpierw biczowano, musiał dźwigać zazwyczaj tylko poprzeczną belkę na miejsce egzekucji, na które wybierano pobliże pierwszego kamienia milowego od miasta (Rzymianie rozmieszczali kamienie milowe, czyli kamienne znaki na poboczu dróg co rzymską milę, tj. tysiąc kroków). Po obnażeniu skazańca i ułożeniu na ziemi jego ręce przybijano gwoździami lub przywiązywano sznurami do poprzecznego ramienia krzyża. Następnie belkę podnoszono i przytwierdzano do przygotowanego już pionowego pala u góry (forma podobna do litery T – crux commissa) albo też umieszczano ją niżej (forma † – crux immissa). Potem przywiązywano albo przybijano stopy. Wysokość pionowej belki była różna: mogła być niewiele wyższa od wysokości człowieka albo tak wysoka, że przestępcę można było dostrzec z bardzo daleka. Biczowano również po przybiciu do krzyża wykorzystując do tego skórzane rzemienie, na które nawleczone były kawałki kości lub metalu. Dla opóźnienia śmierci i zwiększenia męczarni przytwierdzano czasem do pala kawałek drewna (tzw. sedile), podtrzymujący wiszące ciało. Agonia trwała kilka godzin lub następowała dopiero po kilku dniach. Skazaniec umierał z pragnienia, głodu, wycieńczenia, czynników atmosferycznych, ran po biczowaniu albo wreszcie na skutek połamania mu kości goleniowych. Nad głową przytwierdzano tabliczkę (titulus) z podaną przyczyną śmierci, którą zwykle niesiono przed osobą skazaną lub zawieszano na szyi. Na tabliczce przybitej do krzyża Jezusa znajdował się napis: „Jezus Nazarejczyk, Król Żydowski” (Iesus Nazarenus Rex Iudaeorum – INRI (J 19,19). Inne Ewangelie wspominają ten napis w innej formie: „Król Żydowski” (Mk 15,26); „To jest Jezus, Król Żydowski” (Mt 27,37); „To jest Król Żydowski” (Łk 23,38). Napis był w języku hebrajskim, łacińskim i greckim, a więc oprócz języków urzędowych Cesarstwa Rzymskiego, także w języku zrozumiałym dla mieszkańców tamtego regionu, dla których miało to być ostrzeżeniem i odstraszeniem.

Ukrzyżowanie Jezusa jest znakiem tego, że przyjął na siebie przekleństwo grzechu. W Starym Testamencie wieszano skazańca na drzewie: „Jeśli ktoś popełni zbrodnię podlegającą karze śmierci, zostanie stracony i powiesisz go na drzewie – trup nie będzie wisiał na drzewie przez noc, lecz tegoż dnia musisz go pogrzebać. Bo wiszący jest przeklęty przez Boga. Nie zanieczyścisz swej ziemi, danej ci przez Pana, Boga twego, w posiadanie” (Pwt 21,22-23). Św. Paweł stosuje te słowa do Chrystusa: „Z tego przekleństwa Prawa Chrystus nas wykupił – stawszy się za nas przekleństwem, bo napisane jest: Przeklęty każdy, którego powieszono na drzewie” (Ga 3,13).

Krzyżowanie zostało zniesione dopiero przez cesarza Konstantyna i zastąpione powieszeniem na szubienicy.