Biskupów ordynariuszy i sufraganów chowano w kryptach własnych katedr. Szczegółowy opis biskupich pogrzebów zachował się w „Ceremoniale episcoporum” z 1633 r., którego jeden z egzemplarzy przechowywany jest również w Przemyślu. Obrzędy pogrzebowe trwały zwykle wiele dni, a nawet miesiąc. Dlatego ciała biskupów wymagały specjalnego przygotowania, np. zabalsamowania. Pod archikatedrą znajdują się relikty rotundy romańskiej św. Mikołaja wybudowanej w XIII wieku. Jeszcze wcześniej na tym miejscu mógł istnieć kościół wybudowany przez Bolesława Śmiałego.

Czaszki i wypchana noga biskupa

Wrażenie robi ossuarium – pomieszczenie, w którym zgromadzono czaszki pochowanych pod katedrą duchownych i świeckich. W trumnie bp. Walentego Wężyka zmarłego w 1766 r. znaleziono pończochę wypełnioną ziołami – biskup nie miał stopy. Potwierdziły się więc relacje zawarte w dziele ks. Władysława Sarny, który wspominał o tym, że biskup Wężyk był chromy... W krypcie mieszczańskiej zachował się pochówek kilkuletniego dziecka, które na szyi miało założony woreczek z karteczką w płóciennym woreczku, na której napisano „Kochane serce...”, najprawdopodobniej list zrozpaczonych rodziców do potomnych...

W jednej z krypt zgromadzono unikatowe relikwiarze, m.in. św. Walentego, św. Feliksa, św. Gereona czy czaszkę jednej z towarzyszek św. Urszuli, której kult był bardzo silny w średniowieczu, zwłaszcza w Niemczech. W dwunastym stuleciu jej kult ożywił się znacznie w całej Europie, kiedy to dokonano w Kolonii odkrycia miejsca pochówku naszej księżniczki i jej jedenastu towarzyszek.

Katastrofa budowlana w katedrze

W Niedzielę Zapustną w 1733 r. doszło do katastrofy budowlanej w Przemyślu. Zawaliło się sklepienie katedry przemyskiej. Na szczęście katastrofa wydarzyła się już po niedzielnych nabożeństwach, kiedy akurat nikogo nie było w kościele. Rozlegający się hałas... grzmotu, jak to określali kronikarze – słychać było na całym obszarze Starego Miasta. Wybuchła panika, do kościoła zaczęli zbiegać się ludzie i kapłani oraz kanonicy katedralni. Uderzenie było tak silne, że spadający ze znacznej wysokości gruz rozbił 62 cenne nagrobki biskupów i dobrodziejów pochowanych w świątyni; niektóre jeszcze z czasów średniowiecznych. W dodatku w katedrze leżały zwłoki kapłana przygotowane do niedzielnego pogrzebu. Zostały zniszczone w gruzowisku. Co ciekawe – trumny rodziny Fredrów pozostały nienaruszone, a z jednej z nich miała rozchodzić się miła woń. Bp Aleksander Fredro nakazał wybudowanie nowego, lekkiego i cienkiego sklepienia opartego o dwa rzędy kolumn. Kaplicom bocznym nadał kształt rotund; w chórze nakazał wystawić drewniany ołtarz. Pochowany został w maju w 1734 r. w kaplicy.

W kryptach biskupich znajdziemy, prócz wystawionych relikwiarzy, biskupich trumien, także elementy ówczesnych strojów liturgicznych biskupów, np. kalotkę czy mitry, które obecny kształt uzyskały w XII wieku. Znajduje się tutaj także kolekcja biskupich pierścieni. Jeden z nich, pierścień bp. Mikołaja Błażejowskiego, umieszczono w Muzeum Archikatedralnym.

Pierścień przemyskiego biskupa Błażejowskiego ma niezwykłą historię. Biskup Mikołaj, zanim został powołany na tron biskupi, był sekretarzem samego króla Kazimierza Jagiellończyka. Dotknięcie biskupim pierścieniem uzdrawiało rodzące kobiety, pozwalał on również na szczęśliwe rozwiązanie. Dlatego właśnie zwano go pierścieniem położnic. Podobno pewnego razu, kiedy przemyski hierarcha przechadzał się po uliczkach przemyskiego Zasania, napotkał go rozpaczający Żyd, prosząc o pomoc i modlitwę dla żony, która cierpiała przy trwającym właśnie porodzie. Poproszono Błażejowskiego, aby przyszedł do domu tegoż Żyda. Ujrzawszy cierpiącą położnicę, biskup Mikołaj zaczął modlić się nad chorą, a także zdjął z palca swój biskupi pierścień i założył go na palec cierpiącej kobiety. Po chwili bóle ustały i kobieta szczęśliwie urodziła zdrowe dziecko. Cudowny pierścień bp. Błażejowskiego kapituła przemyska pożyczała cierpiącym w bólach porodowych kobietom podobno jeszcze w XIX wieku. Podczas II wojny światowej, kiedy to spłonął przemyski skarbiec katedralny, pierścień uważany był za zaginiony.