W lutym 1863 r. bp M. Majerczak odprawił Mszę św. dla powstańców w Staszowie. Jadwiga Prendowska w swoich pamiętnikach pisze o bp. M. Majerczaku jako o obrońcy ludności zaangażowanej w powstanie. Kluczowe miały być stosunki towarzyskie z rosyjskim generałem wyznania katolickiego Ksawerym Czengierym. Prendowska zapisała: „Czengiery miał go [bp. M. Majerczaka] w wielkim zachowaniu, a bez towarzystwa księży obejść się nie umiał. Zwykle po dobrym obiedzie ks. Majerczak wypraszał uwolnienie dla więźniów i różnych skompromitowanych”.

Powstańcy zwracali się do bp. Majerczaka jako do obrońcy praw religijnych. Podczas bitwy pod Grochowiskami (18.03.1863) zamordowano o. Antoniego Majewskiego z klasztoru reformatów w Stopnicy, który na pobojowisku w komży i stule śpieszył z posługą umierającym. Rosjanie zamordowali go spisami w trakcie spowiedzi, a uczestnicy bitwy wnieśli do bp. Majerczaka prośbę o interwencję u papieża w celu zapewnienia umierającym możliwości wyspowiadania się przed śmiercią.

W związku ze zniszczeniem Miechowa przez Rosjan (bitwa miechowska 17.02.1863 r.) bp M. Majerczak interweniował u władz skarżąc się na zniszczenia dokonane w kościele, w klasztorze i w gospodarstwie. Podobnych interwencji było bardzo, bardzo dużo.

Zachowana korespondencja biskupa z władzami państwowymi w okresie powstania została rozpoznana naukowo przez ks. prof. Daniela Olszewskiego. Badacz dziejów Kościoła zwrócił uwagę na stanowczość biskupa, także wobec „carskich pogróżek”. Gdy powstanie upadało, władze zarzucały bp. M. Majerczakowi i księżom brak współpracy przy jego tłumieniu.