Diecezja została utworzona 25 marca 1992 r. z części diecezji lubelskiej i administratury apostolskiej w Lubaczowie. Był to wynik reformy kościelnych struktur administracyjnych, o której zadecydował św. Jan Paweł II w bulli Totus Tuus Poloniae populus. Powstało wówczas 13 nowych diecezji.

Pierwszym ordynariuszem diecezji był bp Jan Śrutwa. Jego następcą był bp Wacław Depo (obecnie metropolita częstochowski), a teraz posługę tę pełni bp Marian Rojek. Od 1998 r. biskupem pomocniczym jest bp Mariusz Leszczyński.

Patronką diecezji jest Święta Boża Rodzicielka Maryja – Matka Odkupiciela. W diecezji istnieje 7 sanktuariów maryjnych z wizerunkami koronowanymi: Krasnobród – główne sanktuarium, Lubaczów – Matki Bożej Łaskawej, Łukawiec – Matki Bożej Tartakowskiej, Tomaszów Lubelski – Matki Bożej Szkaplerznej, Zamość (katedra) – Matki Bożej Łaskawej, zwanej Odwachowską lub Opieki, Nabróż – Matki Bożej Szkaplerznej i Hrubieszów – Matki Bożej Sokalskiej. Diecezja cieszy się również obecnością sanktuariów, w których są czczeni święci: w Biłgoraju – św. Maria Magdalena, w Radecznicy św. Antoni Padewski i św. Stanisław, biskup i męczennik, czczony w Górecku Kościelnym.

Z terenem diecezji związani są również święci i błogosławieni, którym wierni oddają cześć w miejscach z nimi związanymi. Takimi miejscami są m.in. Monasterz k. Werchraty, gdzie św. Brat Albert Chmielowski założył pierwszą pustelnię. Pizuny w parafii Łukawica to miejsce urodzenia albertynki bł. siostry Bernardyny Marii Jabłońskiej. W Gdeszynie czczony jest bł. ks. Zygmunt Pisarski, a w Łaszczowie – bł. Stanisław Starowieyski.

Niech kolejna rocznica powstania diecezji będzie okazją do dziękczynienia za dar wspólnoty diecezjalnej i zachętą do naśladowania świętych, związanych z ziemią zamojsko-lubaczowską.