Okres ten cechowały liczne aresztowania, zmuszanie księży do współpracy z bezpieką, usuwanie religii ze szkół, zabór mienia kościelnego oraz delegalizacja organizacji kościelnych. W celu skompromitowania duchowieństwa organizowano pokazowe procesy, podczas których oskarżano księży o wrogą działalność wobec państwa. Przed łódzkim Wojskowym Sądem Rejonowym odbyło się ok. 50 takich rozpraw. Mieszkańcami Łodzi wstrząsnął proces oskarżonych o współpracę z gestapo ks. Romana Gradolewskiego i ks. Alojzego Hoszyckiego, skazanych na karę śmierci, zamienioną na 12 i 10 lat więzienia. Inni księża – ks. Bronisław Gajda, ks. Alfons Kowalewski i ks. Adam Bąkowicz – za próbę wyjazdu do Szwecji – otrzymali wyroki od 8 do 15 lat pozbawienia wolności. Z kolei ks. Zdzisława Czosnykowskiego za nawiązanie kontaktu z niepodległościową organizacji „Orlęta” skazano na 10 lat.

W 1949 r. władze zdelegalizowały wszelkie organizacje kościelne, w tym duszpasterstwa akademickie. Jednak wbrew tej decyzji opiekę duchową łódzkim studentom nadal zapewniał jezuita o. Tomasz Rostworowski, którego aresztowano pod zarzutem wykorzystywania swego stanowiska do prowadzenia antypaństwowej działalności i skazano na 12 lat więzienia. Represje spotkały także jego następcę ks. Stanisława Bajko, którego aresztowano pod zarzutem szpiegostwa na rzecz Watykanu i Stanów Zjednoczonych Ameryki.

Po przemianach politycznych z 1956 r. wymienieni kapłani zostali objęci amnestią.

Swą ofiarę z tytułu zaboru mienia kościelnego poniosła m.in. łódzka parafia Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny na Bałutach. Zawłaszczony teren władze wykorzystały pod budownictwo mieszkaniowe oraz na tzw. budownictwo towarzyszące, m.in. ośrodek zdrowia, pozostawiając wspólnocie zaledwie 4% posiadanego wcześniej gruntu.

Bezpodstawne zwalnianie katechetów stało się pretekstem do usuwania lekcji religii ze szkół. Szacuje się, że w województwie łódzkim odsetek szkół, w których prowadzono katechezę, spadł z 71% w roku szkolnym 1950-51 do 15% w latach 1955-56. Ostatecznie lekcje religii zlikwidowano ustawą z 1961 r.

Powszechne oburzenie wywołał dekret z 1953 r. o obsadzaniu stanowisk kościelnych. Od tego momentu wszelkie zmiany personalne w Kościele mogły być dokonywane tylko za zgodą władz komunistycznych (centralnych w przypadku biskupów i lokalnych w przypadku proboszczów i wikariuszy). Represje wobec księży wzrosły. Prymas Polski kard. Stefan Wyszyński za stanowczy sprzeciw wobec bezprawnym praktykom został aresztowany, a następnie internowany. Jego miejsce jako przewodniczący Episkopatu Polski zajął ordynariusz łódzki bp Michał Klepacz, który wraz z innymi biskupami został zmuszony do złożenia ślubowania na wierność Polskiej Rzeczpospolitej Ludowej.

Pomimo iż w 1953 r. Episkopat Polski skapitulował, władzom nie udało się rozbić jedności Kościoła. Do końca zaciekły opór stawiał kler parafialny i to dzięki jego postawie oraz odporności na próby zastraszania, jak i na pokusy współpracy, nie doszło do całkowitego podporządkowania Kościoła komunistycznemu państwu.