Z początkiem lat 50. władze PRL nasilają represje wobec Kościoła, szczególnie wobec mało ugodowych biskupów. 20 stycznia 1950 r. zostaje aresztowany przez UB, z grupą współpracowników, bp Czesław Kaczmarek. Poddany wyrafinowanym torturom – w sposób wymuszony, przyznaje się do niepopełnionych czynów i w procesie pokazowym we wrześniu 1953 r. skazany zostaje na 12 lat więzienia oraz utratę praw publicznych. Zwolniony w 1957 r., powraca do diecezji kieleckiej, mimo ponownych prób usunięcia go przez władze w 1959 r., szykan i upokorzeń. Zrehabilitowany pośmiertnie w 1990 r.

W szpitalu

W 1963 r. podczas pobytu w Warszawie ujawniły się pierwsze objawy choroby serca i biskup, po krótkim pobycie u jezuitów, wyjechał do Nałęczowa na rekonwalescencje. 4 lipca przewieziono go do III Kliniki Wewnętrznej w Lublinie. Leżał na ogólnej sali dla chorych, z powodu „niechętnego” przyjęcia go przez personel szpitala.

Wg relacji świadków, szpital w Lublinie nieufnie przyjął biskupa o tak niejednoznacznej, zszarganej przez propagandę opinii, ale szybko biskup kielecki zmienił to nastawienie. W szpitalu odwiedzało go wielu ludzi, duchownych i świeckich – i były to, jak wspominali świadkowie, spotkania nasycone zaufaniem, serdecznością. 20 sierpnia odwiedził świadomie już oczekującego śmierci chorego prymas Stefan Wyszyński.

19 sierpnia 1963 r. – świadomy zbliżającej się śmierci spisał swój testament, w którym znalazły się znamienne słowa, m.in.: „Nie poczuwam się do jakichkolwiek sprzeniewierzeń się mojemu powołaniu kapłańskiemu. (…) Moim wrogom, którzy niesłusznie przydali mi tyle krzyża i cierpień, mimo wszystko przebaczam, starając się naśladować Chrystusa Miłościwego i dziękuję im za daną mi okazję przejścia przez próbę i czyściec na ziemi”. Polecał także swojemu następcy opiekę nad wiernym zawsze domownikiem „Leonem Dziedzicem”. „Moim gorącym ostatnim pragnieniem jest spoczywać pośród oddanych mej pieczy diecezjan kieleckich w oczekiwaniu powszechnego zmartwychwstania” – pisał bp Kaczmarek (Archiwum Diec., Akta personalne ks. Biskupa Cz. Kaczmarka, Ostanie dni życia i śmierć BI-10/10). Zmarł 26 sierpnia 1963 r., w uroczystość Matki Bożej Częstochowskiej, w 68. roku życia, 41. kapłaństwa i 25. roku jubileuszowym biskupstwa.

Pogrzeb jak manifest

29 sierpnia 1963 r. pogrzeb bp. Kaczmarka w kieleckiej katedrze zgromadził kilkudziesięciu biskupów, 500 księży, 400 sióstr zakonnych i dziesiątki tysięcy wiernych. Jego ciało spoczęło w krypcie biskupów kieleckich pod posadzką katedry Wniebowzięcia NMP w Kielcach.

Mowę pogrzebową wygłosił biskup podlaski Ignacy Świrski z Siedlec. Powiedział wówczas: „Podobnej tragicznej postaci w historii Kościoła w Polsce nie spotykamy. Tragizm śp. Biskupa Kaczmarka, jak zresztą wielu innych księży, polegał na tym, że chcąc pracować w dziedzinie społecznej i kulturalnej, musiał zetknąć się z polityką i zająć w stosunku do niej wyraźne oblicze”.