Od swojego ojca duchowego – św. Jana Bosko, założyciela salezjanów, przejął hasło, które stało się jego dewizą biskupią: Da mihi animas caetera tolle (Daj mi duszę, resztę zabierz). Dusze jednak zostały zabrane pasterzowi, bo nie tylko w niewoli, ale nawet po wyjściu z komunistycznego więzienia przez długi czas był izolowany od ludzi. W więzieniu został ogołocony ze wszystkiego. Najdotkliwiej mógł to odczuć wtedy, kiedy przez kilka dni i nocy stał nago w zimnej celi, a krople wody spadały mu na głowę. Ale oprawcy nie zdołali mu odebrać wiary ani zgasić ducha.

Biskup Antoni Baraniak – mimo 27 miesięcy okrutnych tortur fizycznych i psychicznych – nie zdradził prymasa Stefana Wyszyńskiego. Miało to kolosalne znaczenie dla dalszych losów Kościoła w Polsce, gdyż komuniści planowali zorganizować prymasowi pokazowy proces. Obciążenie ze strony jego najbliższego współpracownika, według komunistów, skompromitowałoby kard. Wyszyńskiego i dałoby pretekst do oskarżenia go o zdradę państwa. W konsekwencji doprowadziłoby to do rozbicia Kościoła katolickiego i całkowitego podporządkowania go władzy komunistycznej. Dzięki nieugiętej postawie bp. Baraniaka do tego nie doszło. Prymas Tysiąclecia pozostał w więzieniu, a po 3 latach opuścił je w glorii bohatera narodowego i niezłomnego obrońcy Kościoła. Arcybiskup Stanisław Gądecki, metropolita poznański, twierdzi, że „gdyby nie bohaterstwo abp. Baraniaka, nie byłoby kard. Wyszyńskiego ani papieża Jana Pawła II, a Kościół w Polsce podzieliłby prawdopodobnie los Kościoła w Chorwacji, na Węgrzech, w Czechosłowacji”.

Prymas Wyszyński został aresztowany 25 września 1953 r. przez funkcjonariuszy Ministerstwa Bezpieczeństwa Publicznego w swojej warszawskiej rezydencji przy ul. Miodowej. Opuszczając dom, oznajmił, że gospodarzem podczas jego nieobecności będzie bp Baraniak. Nie mógł wiedzieć, że los jego najbliższego współpracownika był już przesądzony i że następnego dnia on także zostanie aresztowany. Mizernej postury biskup trafił do aresztu śledczego przy ul. Rakowieckiej w Warszawie. Od 26 września 1953 r. do 14 września 1955 r. był przesłuchiwany 145 razy. Wyrywano mu paznokcie, bito go do nieprzytomności, trzymano w fekaliach, oślepiano światłem, wtrącano do ciemnicy, gdzie nie wiedział, czy jest dzień, czy noc, podsuwano mu do podpisu papiery z oskarżeniami wobec prymasa Wyszyńskiego i oskarżeniami go jako biskupa o współpracę z agentami wrogów państwa ludowego. Trzymano go w izolacji od rodziny i współpracowników. W trudnych chwilach powtarzał: „Baraniak, ty się nie możesz ześwinić”.

To, że się nie załamał, zawdzięczał modlitwie. Kiedy przez krótki czas miał możliwość przebywania z innymi więźniami, jeden z nich przestrzegł go, że kiedyś może nastąpić moment załamania psychicznego. Biskup Baraniak odprawił wówczas rekolekcje z innymi więźniami i powziął postanowienie, że cokolwiek się zdarzy, nigdy nie będzie świadczył przeciwko prymasowi i że gotów jest oddać życie za Kościół. Pobyt w ubeckim więzieniu zrujnował mu zdrowie. Gdy je opuszczał, ważył 40 kg. Lekarze widzieli na plecach biskupa liczne blizny. Jak wspomniał na jego pogrzebie kard. Wyszyński: „Wrócił na Miodową w 1956 r. tak wyniszczony, że nigdy nie odbudował swojej egzystencji psychofizycznej”.

30 maja 1957 r. został mianowany arcybiskupem metropolitą poznańskim; pełnił tę funkcję aż do śmierci 13 sierpnia 1977 r. I w Poznaniu jednak dosięgła go „karząca ręka partii”. Władza komunistyczna nie zapomniała abp. Baraniakowi jego nieugiętej postawy i nieustannie poddawała go szykanom, a za pomocą intryg próbowała go skłócić ze współpracownikami. Kardynał Wyszyński miał świadomość, że abp Baraniak cierpiał za niego. Wielokrotnie wyrażał wdzięczność wobec swojego wiernego współpracownika, nazywając go Mężem Doskonałym, który – jego zdaniem – „wziął na swoje barki odpowiedzialność prymasa za Kościół w Polsce”. Na pogrzebie metropolity poznańskiego prymas Polski powiedział: „Uwięziony bp Baraniak był dla mnie osłoną, o którą mogłem się oprzeć”.

Kilka dni przed śmiercią abp. Baraniaka odwiedził w szpitalu w Poznaniu kard. Karol Wojtyła. Wypowiedział wówczas znamienne słowa: „Kościół w Polsce nigdy Księdzu Arcybiskupowi nie zapomni, że go bronił w najtrudniejszych czasach”. Oby tym słowom stało się zadość.