Całe ziarna siemienia lnianego przechodzą przez układ pokarmowy niestrawione. Przez to nie wchłaniają się z nich składniki odżywcze. Mogą także podrażniać jelita.

Na jelita i żołądek najlepiej działa „kisiel” zrobiony z namoczonych we wrzątku i odcedzonych ziaren siemienia lnianego. Śluzy – substancje, które pod wpływem wody tworzą galaretowaty „kisiel” – zawarte w siemieniu lnianym mają właściwości powlekające i osłaniające błonę śluzową, dlatego pomagają w łagodzeniu dolegliwości układu pokarmowego, gardła i jamy ustnej.

Temperatura powyżej 40°C neutralizuje jednak kwas omega-3. Aby zachować go jak najwięcej, warto mleć ziarna siemienia i dodawać do serka czy sałatki. Ale muszą być świeżo zmielone. Po sproszkowaniu zdrowe olejki lniane ulatniają się bardzo szybko. Im dłużej leży siemię, tym mniej ich ma.

Gdy stosuje się siemię, trzeba pić dużo wody, ponieważ pęcznieje ono w żołądku i może powodować zaparcia. Nie należy też przesadzać z ilością. Łyżka lub kilka mniejszych łyżeczek siemienia dziennie zupełnie wystarczą.