Nie bez znaczenia na stosunki polsko-rosyjskie było doprowadzenie i zawarcie Unii Brzeskiej (1596), mocą której Cerkiew prawosławna w Rzeczpospolitej prawie przestała istnieć. Dla Moskwy był to bolesny policzek, bo tylu Rusinów przeszło na wiarę katolicką, zrywając tym samym wszelkie powiązania z Rosją. Unia mogła dojść do skutku tylko w Rzeczpospolitej, gdzie prawosławie było o wiele bardziej światłe niż w Rosji, gdzie nie było religią państwową. Rosjanie nigdy nie pogodzili się z tym faktem i zawzięcie zwalczali Kościół unicki, doprowadzając w przyszłości do jego całkowitej likwidacji na obszarze swego panowania. Z czasem państwo moskiewskie umacnia się i może już narzucać swoje rządy innym narodom. Dochodzi do rozbiorów Polski. Pierwsze decyzje w zabranych częściach Rzeczpospolitej to likwidacja Unii i osłabianie Kościoła katolickiego. Caryca Katarzyna w 1773 r. wydała ukaz tolerancyjny uwalniający innowierców od wyzysku i prześladowań. Dopuszczała wszelką organizację religijną oprócz katolickiej. Zdecydowano wówczas, że duchowieństwo tolerowanego wyznania nie może podlegać żadnemu ośrodkowi władzy poza państwem rosyjskim. Postanowiono, że wszystko musi być tak jak w Moskwie. Niechęć w stosunku do Polski, jako przedstawicielki "łacinnictwa" wzmogła się po roku 1863 i stała się jakby zasadniczym dogmatem władzy, a także patriotyzmu rosyjskiego. Nienawiść do katolicyzmu przeobraziła się w doktrynę o "prawdziwej" słowiańszczyźnie i o "odstępcach". Prawdziwymi Słowianami mogli być tylko prawosławni, a kto nie jest prawosławnym, ten jest zdrajcą sprawy słowiańskiej.
W wyniku I wojny upada państwo carów, ale pozostaje nienawiść do Kościoła katolickiego i Polski. Ani Rosja carska, ani bolszewicka nie widzi Polski jako wolnego kraju. Jeśli dopuszczano jakąś formę państwowości Polski, to raczej jako republiki uzależnionej całkowicie od "wielkiego brata". Wojna polsko-bolszewicka w 1920 r. i przegrana bolszewików istniejącą przepaść pogłębi jeszcze bardziej. Przecież to katolicka Polska zagrodziła drogę do podboju Europy przez rewolucję. Za to zwycięstwo w niedalekiej przyszłości przyjdzie Polakom drogo zapłacić. Ceną był 17 września, Katyń, deportacje, zsyłki na Sybir, okrojenie granic, okupacja, socjalizm i walka z Kościołem.
Nowe czasy niewiele zmieniły. Wprawdzie w nowej Rosji zlikwidowano ucisk religijny, ale powoli staje się ona państwem o tendencjach imperialistycznych. Prezydent Putin chce odnowić wielką Rosję - starą, carską Rosję, oczywiście już bez cara. Powraca się do dawnej formuły, do myślenia o czysto politycznym rodowodzie, że prawdziwy Rosjanin, prawdziwy Ukrainiec czy Serb - musi być prawosławny. Jeśli nie, to znaczy, że nie jest stuprocentowym Rosjaninem lub Ukraińcem. Rosyjska Cerkiew prawosławna uważała i nadal uważa, że całe terytorium wchodzące w skład byłego Związku Radzieckiego należy do Patriarchatu moskiewskiego, zamieszkujące tam narody a więc: Rosjanie, Ukraińcy i Białorusini w sposób naturalny są jej członkami. Pozwolenie na działalność np. Kościoła katolickiego, na tworzenie przez niego nowych struktur diecezjalnych to przecież konkurencja, utrata wiernych, wpływów oraz dochodów. Dla obrony swoich pozycji wymyślono termin "terytorium kanoniczne", co w praktyce oznacza wyłączność dla Cerkwi w myśl zasady: "Jedna Rosja - jedna Cerkiew". To właśnie jest powodem trudności Kościoła katolickiego w Rosji. Dla Rosjan katolicyzm jest utożsamiany z polskością; katolicyzm to antyrosyjskość, a katolik to wróg Rosji. W pojęciu Rosjanina rosyjskość i prawosławie jest czymś nierozdzielnym. Innym powodem trudności katolików w Rosji jest obawa, strach przed dobrze zorganizowaną pracą duchownych katolickich. Są oni dobrze wykształceni, gorliwi i skuteczni w działaniu. Znają języki obce, posługują się komputerami, organizują piesze pielgrzymki czy też wyjazdy z młodzieżą na wakacje. Przynoszą ze sobą nowe formy duszpasterstwa nieznane w prawosławiu, przez co stają się atrakcyjni dla ludzi myślących, a zagrożeniem i konkurencją dla miejscowych duchownych. Trzeba pamiętać, że strona prawosławna w Rosji jest w sytuacji jakby przed swoim Soborem Watykańskim II. Lata komunizmu zrobiły swoje, teraz trzeba wykształcić nowe kadry światłego duchowieństwa i zorganizować życie religijne prawie od podstaw. Rosja musi zrozumieć, że każdy ma prawo do swego wyznania, że parafie mają prawo budować kościoły, zakładać szkoły i być obecne w życiu społecznym. Widząc wszystkie poczynania władz i Patriarchatu wymierzone przeciwko katolikom, nie można jednak tracić nadziei na lepszą przyszłość. Przykładem niemal anielskiej cierpliwości jest sam Ojciec Święty, który przecież zna dokładnie trudną przeszłość i teraźniejszość, a mimo to nie ustaje w wysiłkach na rzecz porozumienia oraz dialogu, bo "u Boga wszystko jest możliwe". Może już dawno doszłoby do wizyty Ojca Świętego w Rosji gdyby nie jego polskie pochodzenie?