Urodziła się w Pradze jako córka króla Czech – Przemysława Ottokara I. Gdy miała 3 lata, postanowiono wydać ją za mąż za jednego z synów Henryka Brodatego, dlatego w 1216 r. przyjechała na polski dwór. Przebywała głównie w Trzebnicy. Po powrocie do swojej ojczyzny dowiedziała się od przybyłych do Pragi braci mniejszych o duchowych przeżyciach Klary z Asyżu i gorąco zapragnęła iść za jej przykładem, praktykując franciszkańskie ubóstwo.

Około 1233 r. ufundowała w Pradze szpital oraz klasztor klarysek, zwany czeskim Asyżem, do którego później wstąpiła. W 1234 r. złożyła śluby czystości, ubóstwa i posłuszeństwa. Utrzymywała stały kontakt listowny ze św. Klarą i z ówczesnym papieżem. Prowadziła życie pełne wyrzeczeń i dzieł miłosierdzia. W jednym z listów św. Klara napisała do Agnieszki: „Uboga dziewico, obejmij ramionami ubogiego Chrystusa. Patrz na Niego, który dla ciebie został wzgardzony, stań się dla Niego wzgardzona na tym świecie i idź za Nim. Dostojna królowo, twój Oblubieniec, «najpiękniejszy spośród synów ludzkich», stał się dla twego zbawienia najlichszym z ludzi, był wzgardzony, zbity, poraniony przez biczowanie na całym ciele i zmarł wśród męczarni na krzyżu. Wpatruj się w Niego, rozmyślaj o Nim, uwielbiaj i staraj się Go naśladować”.