Parafia pw. Miłosierdzia Bożego została ustanowiona dekretem biskupa chełmińskiego Mariana Przykuckiego 1 maja 1990 r. Terytorium nowej parafii wydzielono z parafii pw.: św. Józefa, św. Antoniego oraz Matki Bożej Zwycięskiej. 8 grudnia 1990 r. bp Marian Przykucki poświęcił kaplicę, która na następne lata stała się kościołem parafialnym. 13 lipca 1992 r. parafia otrzymała pozwolenie na budowę nowego kościoła. 10 kwietnia 1994 r. podczas odpustu parafialnego Biskup Toruński poświęcił kamień węgielny pod budowę świątyni. Pierwsza Msza św. w murach budującego się kościoła została odprawiona o północy 24 grudnia 1997 r. Rok później bp Andrzej Suski poświęcił ukończony dom parafialny. W tym czasie mury świątyni były już postawione, ale nie było jeszcze dachu. W roku 1998 została ukończona budowa wieży. W czerwcu 1999 r. parafia otrzymała potężny krzyż - Drzewo Życia, który był głównym elementem ołtarza podczas pobytu Ojca Świętego na toruńskim lotnisku 7 czerwca 1999 r. W Roku Jubileuszowym 2000, 1 maja, parafia obchodziła uroczystość 10-lecia istnienia. Dekretem Biskupa Toruńskiego otrzymała także drugie wezwanie - św. s. Faustyny Kowalskiej. W 2001 r. kościół wzbogacił się o nowe witraże, podgrzewaną posadzkę i ukończony dach.
Ostatnie lata parafii to przede wszystkim budowa kościoła i jego wyposażanie. Jak mówi pierwszy proboszcz parafii, ks. prał. Stanisław Majewski, tej budowie towarzyszy przede wszystkim budowa żywego Kościoła. Przyczyniło się na pewno do tego przeżycie misji ewangelizacyjnych oraz Godzina Miłosierdzia, odprawiana w kościele w każdy piątek o godz. 15.00. Wezwanie kościoła zobowiązuje także do działań na rzecz drugiego człowieka, zwłaszcza potrzebującego. W parafii funkcjonuje Ognisko Wychowawcze, Klub Seniora oraz Parafialny Oddział Caritas. Bardzo aktywnie rozwijają się wspólnoty, które są współorganizatorami festynów, gromadzących parafian na wspólnym radowaniu się. Każdego roku obchodzone są dwa odpusty parafialne; pierwszy w pierwszą niedzielę po Wielkanocy - święto Miłosierdzia Bożego oraz odpust św. siostry Faustyny w dniu 8 października.
Dzisiaj trudno sobie wyobrazić sytuację duszpasterską tej części Torunia, gdyby nie odważna decyzja sprzed kilkunastu lat o budowie kościoła na Koniuchach, kiedy świątynię wznoszono prawie w szczerym polu.
15 września br. właśnie w tym kościele zakończy się peregrynacja obrazu Jezusa Miłosiernego w diecezji toruńskiej. Obraz, który stał się swego rodzaju relikwią, przed którym dokonywały się tak wspaniałe i głębokie przeżycia, pozostanie w tej świątyni, w specjalnie przygotowanym ołtarzu, by zapraszać do modlitwy i nawrócenia parafian, mieszkańców Torunia i wszystkich, którzy będą tu przybywać.