Św. Jozafat urodził się we Włodzimierzu na Wołyniu. Były to czasy, gdy zwierzchnicy Kościoła prawosławnego w Rzeczypospolitej w trosce o dobro dusz i jedność wyznawców Chrystusa podpisali unię z Kościołem rzymskim, tym samym dając początek Kościołowi unickiemu. Według ich myśli, która była zaakceptowana przez papieży, młody Kościół miał zachowywać wierność tradycji chrześcijańskiego Wschodu, uznając jednocześnie zwierzchnictwo Ojca Świętego.
W tym czasie Jan (takie imię św. Jozafat otrzymał na chrzcie) był jeszcze małym chłopcem. Kiedy matka po raz pierwszy poprowadziła go do kościoła, w przedsionku świątyni zobaczył on krzyż z wizerunkiem ukrzyżowanego Zbawiciela. Chłopiec zapytał, kim jest ten człowiek? „To jest Zbawiciel nasz, Jezus Chrystus, który za nasze grzechy poniósł śmierć na krzyżu” - odpowiedziała matka. Wówczas przyszły Święty odczuł, jakby iskra przeszła przez jego ciało. To zdarzenie wywarło wielki wpływ na jego życie duchowe. Od tej pory ukochał on wszystkie nabożeństwa i nie opuścił Mszy św. w ciągu trzydziestu lat.
Jan podrósł i rodzice wysłali do Wilna, stolicy Wielkiego Księstwa Litewskiego. Tam miał on pomagać w zakładzie kupieckim. Jednak chętniej oddawał się czytaniu literatury religijnej, niż prowadzeniu interesów. Uczęszczał również do różnych cerkwi na nabożeństwa i oddawał się modlitwie indywidualnej. Nabożeństwa, a zwłaszcza Liturgia Godzin Kościoła Wschodniego, stały się dla niego szkołą teologii. Nie mogąc długo znieść podziału wewnętrznego pomiędzy pracą w zakładzie a powołaniem do życia zakonnego, wstąpił do klasztoru Trójcy Przenajświętszej.
Klasztor ten przebywał w tym czasie w stanie opłakanym. Było w nim kilku starszych mnichów, ale żaden z nich nie trzymał się Reguły. Nikt nie mógł podjąć się jego kierownictwa duchowego i Jozafat musiał poprzez modlitwę i lekturę duchową sam formować swoje wnętrze. Spotkanie i rozmowy z księżmi jezuitami z Akademii Wileńskiej wywarły wielki wpływ na młodego zakonnika i jego wybór drogi jedności kościelnej.
Często mówi się o św. Jozafacie tylko w związku z jego śmiercią męczeńską, a przecież lata spędzone w klasztorze były przygotowaniem do złożenia ofiary z życia dla Chrystusa i jedności Jego owczarni. Oddawał się ascezie i modlitwie, a najbardziej ulubionym jego dziełem było czytanie i przepisywanie ksiąg religijnych. Lektura żywotów świętych stopniowo przygotowywała go do przyjęcia męczeńskiej śmierci. Czytał chętnie dzieła o Kościele i utwierdzał się w przekonaniu, że musi on zachowywać jedność pod rządami następcy św. Piotra - biskupa Rzymu. Św. Jozafat był głęboko rozmiłowany we własnej tradycji i liturgii. Nie przeszkadzało mu to w przyjęciu całym sercem unii. Poprzez swoją postawę stał się wielkim świadkiem jedności. Udowadniał przeciwnikom unii, że należąc do Kościoła katolickiego, nie trzeba zrzekać się swojej tożsamości.
Wielkie znaczenie miała dla Jozafata i dla unii przyjaźń z Józefem Rutskim, trzecim zwierzchnikiem zjednanego Kościoła. Był on człowiekiem bardzo wykształconym, studiował w Rzymie, gdzie dostał od papieża błogosławieństwo na powrót do kraju i pracę na rzecz jedności. Pociągnięty przykładem młodego zakonnika, Rutski sam wstąpił do klasztoru Trójcy Przenajświętszej i wkrótce został przełożonym. Jozafata mianował swoim następcą. Gdy po śmierci sędziwego metropolity Pocieja, zwierzchnika Kościoła unickiego, jago miejsce zajął Józef Rutski, dwaj przyjaciele poprowadzili reformy, które dały nowego ducha młodemu Kościołowi.
Jozafat zasłużył się nade wszystko jako reformator życia zakonnego. W duchu nauki Ojców Wschodnich - założycieli życia zakonnego, korzystając również z dorobku Kościoła Zachodniego, a szczególnie z uchwał Soboru Trydenckiego, odradzał on najpierw upadający wileński klasztor Trójcy Przenajświętszej. Później kilka innych klasztorów dołączyło się do reformy. Jozafat wszędzie posyłał młodych zakonników, swoich uczniów. Tak powstały klasztory w Supraślu koło Białegostoku, w Byteniu i Żyrowicach koło Słonimia na Białorusi. W tym ostatnim znajduje się cudowny obraz Matki Bożej, koronowany w XVIII stuleciu koronami papieskimi. Sanktuarium w Żyrowicach, gdzie obecnie znajduje się klasztor i seminarium prawosławne, był nazywany „unicką Częstochową”.
Posługę przełożonego klasztoru przyszły męczennik pełnił tylko trzy lata. W 1618 r. Jozafat został powołany na nowy urząd - arcybiskupa w Połocku. Jego diecezja obejmowała prawie całą Białoruś, ale sytuacja religijna w niej wyglądała przerażająco. Katedra była mocno zniszczona, klasztory prawie puste. W wielu parafiach biskupa nigdy nie widziano. Księża znajdowali się pod presją szlachty, która traktowała ich jak swoich chłopów. Msza św. sprawowana była bardzo rzadko, kazań nie głoszono. Na dodatek przeciwnicy unii rozpowszechniali pisma, nazywając nowego Arcybiskupa zdrajcą, który chce się wyrzec własnej tradycji i poprzerabiać kościoły wschodnie na łacińskie.
Święty niechętnie przyjął nowy urząd, w głębi serca pozostając zwykłym zakonnikiem. Jednak gorliwie pełnił posługę biskupią do samej śmierci. Zajął się odrodzeniem Kościoła materialnie i duchowo. Wyremontował katedrę św. Sofii w Połocku, budował kościoły i klasztory. Codziennie sam sprawował Mszę św., i wprowadził taki zwyczaj we wszystkich kościołach Połocka. Wizytował parafie, głosił słowo Boże, bronił duchowieństwa i wiernych od ucisku ze strony możnych. Pomagał biednym do takiego stopnia, że sam zaczął cierpieć niedostatek. Nawet pałac biskupi uczynił schroniskiem dla bezdomnych, sam zajmując najmniejszą izbę. Ale, co było najbardziej istotne, trzymał się we wszystkim tradycji Kościoła Wschodniego, udowadniając swoim przeciwnikom, że jedność Kościoła jest drogą do jego odrodzenia. Jozafat nie ukrywał swojej przyjaźni z duchowieństwem łacińskim, a szczególnie z profesorami kolegium jezuickiego.
Jednak przeciwnicy jedności nie zaprzestali swoich starań o zniesienie unii. Nie mogąc prawdą zwalczyć Arcybiskupa, starali się oni odizolować go od ludu. A kiedy i to nie udało się, posunęli się do podstępu, kłamstwa i buntu. Sprawcą moralnym tego przestępstwa był Meleci Smotrycki, wyświęcony przez przeciwników unii na arcybiskupa Połocka. Co prawda nie pełnił on tego urzędu, rezydując w Wilnie, bo większość świątyń była w rękach Jozafata i jego zwolenników, jednak poprzez kłamstwo, że jakoby Jozafat ma wprowadzać obrządek łaciński, udało mu się wzburzyć mieszkańców Witebska, drugiego co do znaczenia miasta w diecezji.
To, co zdarzyło się 12 listopada 1623 r. nie było dla abp. Jozafata zaskoczeniem. Był on świadom wrogości i niebezpieczeństwa. Ale również świadom był i swoich obowiązków pasterskich, które pełnił do ostatniej chwili. W dniu swojego męczeństwa, po odprawieniu jutrzni, Arcybiskup wrócił do swojego pałacu, ale tam już zebrał się tłum. Buntownicy wyłamali bramę pałacu i zaczęli bić czeladź Arcybiskupa. Jozafat wyszedł do tłumu, prosząc o litość dla swoich ludzi. Tłum zamarł w oczekiwaniu. Wtedy nieznane osoby uderzyły Świętego, zadając śmiertelny cios. Potem wszyscy bili martwe już ciało, drwiąc z jego godności pasterskiej.
Szczątki Świętego wrzucili do rzeki, przywiązawszy mu do szyi kamienie. Za kilka dni, gdy przyszło otrzeźwienie po okropnej masakrze, zaczęto go szukać. Odnalezione ciało, pomimo kilkudniowego przebywania w wodzie, zachowało się nienaruszone. Buntownicze miasto spotkała surowa kara. Lecz większą karą dla mieszkańców była szerząca się świadomość, że zabili oni Świętego.
Krew św. Jozafata stała się nasieniem wiary. Otaczał on swoją opieką modlitewną Kościół unicki, który rozwijał się aż do gwałtownego skasowania go w wieku XIX. Sam Jozafat został ogłoszony błogosławionym w 20 lat po śmierci, a świętym w 1867 r., kiedy szerzyły się prześladowania unii na Podlasiu.
Męczeński los spotkał nie tylko samego Świętego. Nawet jego ciało po śmierci doznało prześladowań. Taką nienawiść żywili do Apostoła Jedności ci, którzy pragnęli wykorzystać rozłam kościelny dla swoich celów politycznych.
W czasie wojny Rzeczpospolitej z Rosją 1653 r. relikwie św. Jozafata były przechowywane w różnych miejscach Rusi, Litwy i Polski. Potem w roku 1705 car Piotr I szukał ciała Świętego, aby je spalić. Nie znalazł go i urządził masakrę jego zakonników w katedrze św. Sofii w Połocku. Relikwie trafiły do Białej Podlaskiej pod opiekę Radziwiłów. Tam szerzył się kult Świętego. Przychodzili do niego liczni pielgrzymi i doznawali wielkich łask. Po skasowaniu unii kult nie zanikł, ale wręcz przeciwnie, szerzył się wśród prześladowanych unitów podlaskich.
Żaden kapłan, nawet wśród tych, którzy porzucili unię, nie chciał podnieść ręki na relikwie św. Jozafata. Dlatego carski gubernator kazał żandarmom schować trumnę w piwnicach kościelnych i zasypać ziemią. Tam ciało leżało do roku 1916, zanim znowu je odnaleziono. Z Białej Podlaskiej Święty przewędrował do Wiednia, a stąd do Rzymu i teraz spoczywa w Bazylice św. Piotra pod ołtarzem św. Bazylego Wielkiego.