Polska Ludowa (1944-89)

Po wojnie w zmienionej sytuacji ustrojowej Ojcowie kontynuowali prace misyjno-rekolekcyjne. Początkowo odbywały się one głównie w diecezji lubelskiej. W latach 60. Ojcowie głosili Słowo Boże, jeżdżąc po całej Polsce. W latach 70. przeważały tzw. rekolekcje trzeźwościowe i nabożeństwa fatimskie. Były to nowe formy działania, które stanowiły próbę odpowiedzi na pogłębiające się problemy z alkoholizmem.
Ze względu na ograniczenia narzucone przez władze państwowe nie wznowiły działania sodalicje i arcybractwo, natomiast od 1954 r. trwa odmawiana w każdą środę Nowenna do Matki Bożej Nieustającej Pomocy.
W okresie powojennym Redemptoryści kontynuowali swoją posługę w szpitalu miejskim. Zakończyli swoje apostolstwo wśród chorych zamojskiego szpitala w 1995 r. Przez cały ten okres Ojcowie byli przygotowani na każde wezwanie do chorego, czasami kapelan udawał się do szpitala z posługą kapłańską kilka razy dziennie. Od 1960 r. staraniem Redemptorystów została odnowiona kaplica szpitalna.
Szczególną formą działalności Redemptorystów było duszpasterstwo „Solidarności” prowadzone w latach 1980-89. Charakter tej posługi nie był prosty, ponieważ ten ruch społeczny był niespotykany, jedyny w swoim rodzaju w ówczesnym bloku państw socjalistycznych. Redemptoryści mądrze prowadzili zorganizowaną akcję duszpasterską. Kościół św. Mikołaja oraz pomieszczenia klasztorne stały się oparciem dla działaczy zamojskiej „Solidarności” w trudnych latach jej istnienia. W kościele celebrowano uroczyste Msze św. za Ojczyznę, które zawsze gromadziły rzesze wiernych. Organizowano odczyty, podczas których prezentowano treści zabronione przez cenzurę. W salkach klasztornych miały miejsce także nieoficjalne spotkania i rozmowy działaczy „Solidarności”.

Parafia (1981-94)

Nową formą działalności Ojców Redemptorystów było prowadzenie parafii w latach 1981-94. Bp Bolesław Pylak erygował parafię przy kościele św. Mikołaja 15 marca 1981 r. Pierwszym proboszczem parafii był o. Władysław Ziober. Po nim funkcję tą pełnił o. Zbigniew Chaim, a następnie o. Waldemar Gawłowski. Parafia liczyła ok. 6 tys. wiernych. Pracę w parafii Ojcowie prowadzili na wielu płaszczyznach. Należy wspomnieć o kilku z nich. W 1989 r. powstał zespół charytatywny „Maitrii”. Zajmował się on zbiórką odzieży i leków potrzebnych na misjach w krajach trzeciego świata. W 1993 r. utworzono Biuro Radia Maryja. W każdy piątek miesiąca od listopada 1993 r. odbywała się całodzienna adoracja Najświętszego Sakramentu i dyżur w konfesjonale. W ramach Zamojskiej Pieszej Pielgrzymki na Jasną Górę w latach 1988-93 Ojcowie prowadzili grupę nr 8, popularnie zwaną „redemptorystowską”.
Niezwykle ważnym wydarzeniem była budowa kaplicy w Żdanowie. Poświęcenia kamienia węgielnego dokonał ordynariusz lubelski Bolesław Pylak 6 maja 1984 r., budowę zakończono w roku 1989. Patronem kaplicy jest św. Gerard Majella.
Niemal równolegle, bo w latach 1983-86, trwała rozbudowa klasztoru, dobudowano tzw. nowe skrzydło.
Parafia działała do 1994 r. Została przekazana w ręce Franciszkanów Konwentualnych Prowincji Warszawskiej. Kościół św. Mikołaja stał się ponownie kościołem rektoralnym.