Po przekazaniu parafii zmniejszył się skład osobowy zamojskiego Domu Redemptorystów. Ojcowie skoncentrowali się głównie na pracy misyjno-rekolekcyjnej. Przez ostatnie 10 lat prowadzili prace apostolskie w kraju i poza granicami. Pojawiło się zapotrzebowanie na misje św. wśród Polonii zamieszkałej za naszą wschodnią granicą. Ojcowie wyjeżdżali na Litwę, Ukrainę oraz na Białoruś. W Lentvaris k. Wilna o. Stanisław Kiełbasa założył nieustającą Nowennę do Matki Bożej nieustającej Pomocy. Jeden z ojców o. Stanisław Marczak kilkakrotnie przebywał w Kazachstanie. Klasztor dwukrotnie gościł dzieci i młodzież, którzy przyjeżdżali z Białorusi.
Ojcowie prowadzili także prace apostolskie wśród Polonii zamieszkałej w Danii. Prowadzili misje w rejonie Kopenhagi. Byli też na zastępstwach w Niemczech.
Przy klasztorze od 1993 r. działa biuro Radia Maryja. Z inicjatywy skupionych tam członków i sympatyków dwukrotnie zostały zorganizowane festyny ewangelizacyjne. Jeden w 2000 pt. A to Polska właśnie, drugi w 2001 r. przybliżający postać kard. Stefana Wyszyńskiego. Oba festyny odbyły się na Rynku Wielkim w Zamościu. Członkowie biura Radia Maryja organizowali wyjazdy pielgrzymek do Rzymu, na których spotyka się Rodzina Radia Maryja z całej Polski (1994, 1995 r.).
Dzięki Ojcom Redemptorystom został przeprowadzony remont generalny kościoła św. Mikołaja. Prace rozpoczęto w 1998 r. Blachą miedzianą pokryto kopułę nad prezbiterium oraz kopuły boczne. Nałożono pozłacaną kulę i krzyż nad kopułą główną. Prace zakończono w przeddzień przyjazdu Ojca Świętego do Zamościa 11 czerwca 1999 r. W 2000 r. wymalowano i odrestaurowano zewnętrzną i wewnętrzną elewację. W kolejnym roku odkopano i zabezpieczono fundamenty oraz wymieniono ogrzewanie wewnątrz kościoła, założono nowe oświetlenie oraz nagłośnienie. W maju 2001 r. po pielgrzymce do Fatimy dzięki darczyńcom z Torunia pojawiła się w kościele figura Matki Bożej Fatimskiej. Wysiłek i starania Ojców przy tym remoncie był ogromny. Efekt działań jest imponujący, tak odrestaurowany kościół będzie służył wielu następnym pokoleniom.
Równocześnie z remontem kościoła prowadzono prace przy klasztorze. Prace remontowe prowadzono w latach 1995-2000. Część piwnicy zaadaptowano na salę misyjną. Została ona poświęcona 22 grudnia 1999 r. Odbywają się tu spotkania opłatkowe, formacyjne, charytatywne. W drugą niedzielę miesiąca mają miejsce spotkania koła przyjaciół Radia Maryja poprzedzone Eucharystią w kościele św. Mikołaja. Od kilku lat w klasztorze organizowane są spotkania młodzieży biorącej udział w Europejskich Spotkaniach Młodzieży organizowanych na przełomie roku przez wspólnotę ekumeniczną w Taizé. W ostatnim spotkaniu w Hamburgu wzięło udział 50 osób z Zamościa i okolic.
70 lat obecności Redemptorystów w Zamościu to prawie 700 przeprowadzonych misji, ponad 1500 serii rekolekcji, kierownictwo duchowe sióstr zakonnych pracujących w naszym regionie, pomoc udzielana księżom diecezjalnym, prowadzenie Sodalicji Mariańskich, Arcybractwa Matki Bożej Nieustającej Pomocy, prowadzenie parafii, duszpasterstwa „Solidarności”, apostolstwo wśród chorych zamojskiego szpitala, budowa kaplicy św. Gerarda w Żdanowie, remont generalny świątyni. Były to główne obszary działań zamojskiego Domu Redemptorystów. Nad całością działań czuwali, nie szczędząc starań, kolejni rektorzy domu zamojskiego: o. Karol Szrant, o. Leon Pyżalski (okres międzywojenny), o. Józef Sochacki, o. Antoni Lisiak (okres wojny i okupacji), o. Edmund Zieliński, o. Stefan Pęgiel, o. Władysław Ziober, o. Franciszek Krakowski, o. Waldemar Gawłowski, o. Stanisław Kiełbasa. Wszystkie ich działania przyczyniły się znacząco do ewangelizacji mieszkańców naszego regionu.
Obecnie misjonarze zamojskiego Domu Redemptorystów zaangażowani są w prowadzenie misji, rekolekcji przygotowujących parafię diecezji zamojsko-lubaczowskiej do peregrynacji Obrazu Matki Bożej Częstochowskiej.