W dniu opublikowania tych materiałów, 15 czerwca tego roku, Jan Paweł II powiedział, że „Kościół nie lęka się oceny własnej przeszłości i gotów jest prosić o przebaczenie za błędy i nadużycia popełnione przez jego synów i córki w ciągu wieków”. Papież przyznaje również, że inkwizycja w zbiorowej świadomości jest „symbolem antyświadectwa Ewangelii i zgorszenia”, jednak zanim wystąpi się z prośba o przebaczenie, należy dokładnie zapoznać się z faktami. Zresztą prośba o przebaczenie, również za dramat inkwizycji, miała już miejsce podczas obchodów Roku Świętego, kiedy to Papież poprosił w imieniu całego Kościoła katolickiego o wybaczenie błędów popełnionych w służbie prawdzie, ponieważ uciekano się w niej do „metod nieewangelicznych”. Modlitwa, jaką skierował do Boga, obejmowała również „dramat inkwizycji”.
We wspomnianej już konferencji wzięło udział ponad pięćdziesięciu specjalistów z zakresu historii z wielu krajów, którzy przez kilka dni dyskutowali na temat inkwizycji. Owocem ich pracy jest licząca blisko osiemset stron księga. Naukowcy ukazują korzenie inkwizycji oraz trybunałów inkwizycyjnych od czasów średniowiecza. Okazuje się, że inkwizycja miała różne oblicza, w zależności od obszaru jej działania. Dlatego też należy odróżnić inkwizycję działającą w Europie (tu również są wielkie różnice np. między inkwizycją hiszpańską, portugalską czy włoską) od tej działającej w koloniach indyjskich czy w Ameryce Południowej. Autorzy śledzą rozwój dziejów trybunałów inkwizycyjnych aż do XIX wieku, kiedy to w poszczególnych krajach działalność trybunałów była systematycznie zawieszana. Wyjątek stanowią tutaj trybunały rzymskie, czyli Święte Oficjum, zreformowane w 1908 r. przez papieża Piusa X i radykalnie zmienione przez Pawła VI w 1956 r. Powstała wtedy Kongregacja Nauki Wiary. Obecnie jej przewodniczącym jest kard. Joseph Ratzinger. Jej głównym zadaniem jest promowanie chrześcijaństwa, rozwój teologii, nauk biblijnych, dialog ze światem nauki. Organizuje sympozja dotyczące spraw doktrynalnych. Broni doktryny wiary i tradycji chrześcijańskiej, broni Magisterium Kościoła w obliczu niebezpieczeństw, jakie niosą ze sobą nowe groźne ideologie i wrogie Kościołowi doktryny.
Wracając do omawianych dokumentów, należy podkreślić, że zakres spraw w nich poruszanych jest bardzo szeroki. Uczestnicy sympozjum analizowali księgi i podręczniki inkwizycji, statuty prawne trybunałów, związek pomiędzy prawem kanonicznym a cywilnym, obowiązującym wówczas, który miał wielki wpływ na działanie inkwizytorów i ich uprawnienia. Podejmowany jest także wątek stosunku inkwizycji do nawróconych na chrześcijaństwo z islamu, judaizmu czy hinduizmu. Nie mogło zabraknąć tematu „polowań na czarownice”. Omówiono również sprawę indeksu ksiąg zakazanych, kontroli wydawnictw i przekładów Pisma Świętego na języki narodowe. Poruszono sprawę stosunku Kościoła do nauki, zwracając szczególna uwagę na nietolerancję i stosowanie przemocy. Ta naukowa debata mogła mieć miejsce dzięki otwarciu w 1998 r. archiwów Świętego Oficjum. Na jej zorganizowanie miał również wpływ Zakon Dominikanów, którego przedstawiciele w czasach średniowiecza stali na czele większości trybunałów inkwizycyjnych, a dziś chcą dokładnie przeanalizować rolę zakonu w inkwizycji. W wydanych dokumentach na uwagę zasługuje relacja Silvany Seidel Menchi dotycząca historii inkwizycji rzymskiej w latach 1524-1559, która była określana jako „trybunał łagodny”, który wielokrotnie pertraktował i podejmował dialog z oskarżonymi.
Bardzo ciekawie przedstawia się również w omawianych dokumentach „czarna legenda” inkwizycji. Okazuje się bowiem, że powstała ona w XVII w. jako efekt polemiki z protestantami, iluministami i antyklerykałami. Owa „czarna legenda” opierała się na oderwanych od kontekstu historycznego faktach, przeinaczanych, wyolbrzymianych i obrosłych w fantastyczne hipotezy. Pozostaje mieć nadzieję, że materiały z watykańskiej konferencji przyczynią się do lepszego poznania inkwizycji i zrozumienia jej działania, że będą też stanowiły przestrogę dla wszystkich ludzi, dla przyszłych pokoleń, by nigdy więcej nie powtórzyła się podobna historia. Podczas prezentacji opublikowanych materiałów kard. Roger Etchegaray powiedział, że są one „hołdem oddanym prawdzie historycznej” i że „Kościół nie obawia się poddać ocenie swojej przeszłości”. Dotychczas materiały z konferencji ukazały się w kilku językach: włoskim, hiszpańskim, francuskim i angielskim. Może wkrótce pojawi się również przekład polski. Tym, którzy chcieliby zapoznać się lepiej z tym tematem, dowiedzieć się, kim byli inkwizytorzy, jakie mieli uprawnienia i ile jest prawdy w „czarnej legendzie” inkwizycji, polecam książeczkę Grzegorza Rysia Inkwizycja, wydaną przez Znak w 1998 r.