W podziemiach kościoła znajdują się trzy groby. W jednym z nich pod starą zakrystią został pochowany w 1682 r. proboszcz ks. Ignacy Zieleniecki, drugi - przy wejściu głównym, od strony południowej. Kiedy sklepienia tych grobów zapadły się, zrównano je, a na wierzchu ułożono cementową posadzkę. Trzeci grób znajduje się w nawie od strony północnej. W grobowcu zostały złożone zwłoki Zofii z Badenich Popielowej. Zmarła 5 maja 1859 r. Na własny koszt wyremontowała, chylący się ku upadkowi kościół (wg ks. J. Wiśniewskiego), wystawiła drewnianą plebanię, a murem otoczyła przykościelny cmentarz.
W kościele znajdują się epitafia byłych właścicieli Czapel Wielkich z rodziny Dembińskich. Na uwagę zasługuje duża, marmurowa tablica z brązową płaskorzeźbą abp. Wincentego Teofila Chościaka Popiela, ur. w Czaplach w 1825 r., zm. w 1912 r. Na nowym cmentarzu, przy głównej alei, znajduje się grobowiec proboszcza ks. kan. Józefa Czyża, ur. 12 marca 1833 r., zm. 22 stycznia 1924 r. Posługę duszpasterską w parafii czapelskiej sprawował dwukrotnie przez 63 lata. Obok znajduje się grobowiec ks. dr. Stanisława Majchra, ur. w 1908 r. w Czaplach Wielkich, zmarł w wieku 42 lat. Na cmentarzu w Czaplach spoczywa również w grobowcu rodzinnym ks. Ludwik Mucha. Podczas ostatniej wojny był kapelanem u majora „Hubala”.
Od konsekracji nowego kościoła mija 481 lat. Czapelska świątynia jest obiektem zabytkowym. Pod koniec XIX wieku, kiedy proboszczem parafii był ks. kan. Józef Czyż, dobudowana została od strony północnej nowa zakrystia. Pierwsza mieściła się w absydzie za wielkim ołtarzem. W latach 20. ubiegłego wieku, w ścianie północnej zamontowano okna. Wówczas dokonano remontu wieży niższej na kościele, zatracając równocześnie pierwotny jej kształt (co również miało wpływ na ocenę klasy zabytku). Podczas ostatniego remontu (1995 r.), z inicjatywy i przy współpracy z parafianami byłego proboszcza ks. Zygmunta Sawickiego - obydwie wieże pokryte zostały blachą miedzianą. W oparciu o archiwalne zdjęcie sprzed 100 laty przywrócony został pierwotny kształt wieży. Zaplanowano pokryć również blachą miedzianą całe zadaszenie kościoła (ok. 400 m2). Realizacja przedsięwzięć była możliwa dzięki dobrze układającej się współpracy Proboszcza z Parafianami.
Podobnie było przy wyborze odpowiedniego miejsca pod zbiornik wyrównawczy budowanego wodociągu wiejskiego. Na ten cel udostępniona została działka z własności parafialnej.