Ks. prał. Józef Nowakowski to postać doskonale znana w Toruniu i diecezji; z parafią Najświętszej Maryi Panny związany jest bowiem od 1972 r., najpierw jako wikariusz, a od 1976 r. jako jej proboszcz. Panuje zgodna opinia, że jest to kapłan całym swoim życiem świadczący o Chrystusie i ofiarowujący wszystkie swe siły i umiejętności Bogu i ludziom. Za główny cel swej duszpasterskiej troski stawia zawsze życie duchowe parafii. To z jego inicjatywy parafia od wielu lat realizuje program odnowy religijnej i moralnej Ruchu dla Lepszego Świata - MONDO. Zaangażowanie kapłanów i świeckich moderatorów powoduje, że nowe formy pracy jak choćby nabożeństwa majowe raz w tygodniu odprawiane w tzw. rejonach, czyli na osiedlach, blisko miejsc zamieszkania parafian, spotykają się z coraz żywszym odbiorem. Wspólnotę parafialną cementują też coroczne jubileusze małżeństw, liczne pielgrzymki parafialne, np. do sanktuariów maryjnych diecezji czy na ogólnopolskie spotkania MONDO. W parafii działają liczne duszpasterstwa, biblioteka, kiosk książki i prasy katolickiej, punkt charytatywny, wydawany jest „Biuletyn Parafialny”, którego redaktorem jest również ks. Józef Nowakowski. Wcześniej istniał też punkt wydawania leków pochodzących z darów. W stanie wojennym Ksiądz Proboszcz wielką troską duszpasterską i opieką materialną otaczał osoby represjonowane i internowane oraz ich rodziny.
Niepodważalną zasługą ks. prał. Nowakowskiego jest także systematyczna praca przyczyniająca się do wzrostu kultu bł. ks. S. W. Frelichowskiego, który stał się drugim patronem parafii. To dzięki inicjatywie Księdza Proboszcza od wielu lat w parafii odbywają się w lutym podniosłe uroczystości z okazji święta Błogosławionego.
Ksiądz Prałat jest również wiernym kontynuatorem idei ks. Jerzego Popiełuszki. Był jednym z pierwszych, którzy dowiedziawszy się o porwaniu ks. Jerzego przez funkcjonariuszy SB, jeszcze tej samej nocy rozpoczęli jego poszukiwania; później zeznawał w tej sprawie w tzw. procesie toruńskim. Pamięci ks. Jerzego poświęcone są zainicjowane przez ks. Nowakowskiego coroczne październikowe piesze pielgrzymki do Górska, miejsca uprowadzenia.
Zwraca uwagę zaangażowanie Księdza Proboszcza w przedsięwzięcia remontowe i konserwatorskie świątyni oraz przyległych zabudowań przykościelnych. Prace rozpoczęte przed wielu laty nigdy, mimo licznych kłopotów i przeciwności, nie zostały wstrzymane. Dzięki nim kościół ciągle odsłania nowe piękno i skarby, jak choćby unikatowe średniowieczne freski. Dzięki temu ta gotycka świątynia, zabytek klasy zerowej, służy nie tylko wiernym, ale dostarcza też doznań estetycznych licznym turystom. Mimo ogromnych kosztów, jakie tego typu działania pochłaniają, parafianie nigdy nie usłyszeli z ust Księdza Proboszcza narzekania na kłopoty finansowe i zbyt niskie datki.
Ks. prał. Józef Nowakowski oprócz licznych obowiązków parafialnych pełni też liczne funkcje diecezjalne i kurialne. Jest Honorowym Kapelanem Jego Świątobliwości, Kanonikiem Gremialnym Kapituły Katedralnej Toruńskiej i Kapituły Kolegiackiej Chełmżyńskiej, diecezjalnym asystentem Stowarzyszenia Rodzin Katolickich, Duszpasterstwa Ludzi Pracy, Duszpasterstwa Rodzin, Rycerstwa Niepokalanej, kapelanem Związku Sybiraków i Związku Więźniów Politycznych Okresu Stalinowskiego, kieruje Dekanatem Toruń I i równocześnie pełni funkcję dziekana rejonowego.
Nie sposób objąć całości pracy, działań, zainteresowań ks. Józefa Nowakowskiego. On sam nie lubi mówić o swych zasługach ani o kosztach, jakie niekiedy musi ponosić: utracie zdrowia, narażaniu się na nieprzychylne, a niekiedy kłamliwe opinie. Ci, którzy znają Księdza Prałata, wiedzą jednak, że siły czerpie z daru kapłaństwa, a w swym duszpasterskim i społecznikowskim działaniu jest niestrudzony i nieustannie zaskakuje środowisko nowymi pomysłami i inicjatywami.
17 maja ks. prał. Józef Nowakowski obchodził 40-lecie święceń kapłańskich. Z tej okazji 29 maja w kościele Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny i bł. ks. Stefana Wincentego Frelichowskiego na toruńskiej Starówce zgromadzili się na uroczystej Eucharystii wszyscy, którym bliska jest osoba Proboszcza mariackiej świątyni. Wśród nich zauważyć można było czarne pióropusze górników z Geofizyki, żołnierskie mundury, księżowskie sutanny, poczty ze sztandarami, młodszych i starszych z wiązankami kwiatów w dłoniach. Zgromadzeniu Eucharystycznemu przewodniczył bp Andrzej Suski.
Zarówno w słowach powitania, jak i w życzeniach wypowiedzianych w imieniu parafian oraz przedstawicieli delegacji podkreślano wyjątkowy charyzmat toruńskiego Księdza Jubilata, jego wierną służbę Bogu i ludziom. Pod adresem Księdza Prałata padło wiele słów wdzięczności i serdeczności, były kwiaty, wiersze, łzy wzruszenia. Było radosne świętowanie, radosne wychwalanie Pana za dzień, który dał parafii.