Ks. prof. dr hab. Jan Kowalski urodził się 4 czerwca 1930 r. we wsi Krępa k. Miechowa, w parafii Gołcza. Edukację podstawową zdobywał w rodzinnej miejscowości oraz w Gołczy. Szkołę średnią ukończył w Miechowie. Wstąpił do Częstochowskiego Seminarium Duchownego w Krakowie. Jako alumn seminarium był zarazem studentem Uniwersytetu Jagiellońskiego. Formację teologiczną uwieńczył magisterium z teologii, uzyskanym na podstawie pracy nt. „Bp Teodor Kubina o kapitalizmie”, napisanej pod kierunkiem ks. prof. Władysława Wichra. Święcenia kapłańskie przyjął 27 czerwca 1954 r. z rąk bp. Zdzisława Golińskiego. Jako motto swoje posługi kapłańskiej wybrał słowa:

„Pan moim przeznaczeniem i dziedzictwem. On mój los zabezpiecza… niczego się nie boję” (Ps. 16). Po święceniach pracował kolejno w dwóch parafiach: w Mierzycach (1954-56) i w Konopiskach (1956-57). W latach 1957-59 odbył studia specjalistyczne na KUL w zakresie teologii moralnej, uwieńczone najpierw licencjatem nt. „Główne problemy moralno- społeczne w pismach bp. Teodora Kubiny” (1959 r.), napisanym pod kierunkiem ks. doc. dr hab. Władysława Poplatka, a następnie w 1967 r. doktoratem nt. „Nauka Mikołaja z Mościsk o modlitwie wewnętrznej”. Promotorem rozprawy był również ks. doc. dr hab. Władysław Poplatek, w tym czasie dziekan Wydziału Teologicznego KUL. Recenzentami pracy byli: ks. prof. dr hab. Władysław Wicher, profesor b. Wydziału Teologicznego Uniwersytetu Jagiellońskiego, oraz ks. prof. dr hab. Wincenty Granat, późniejszy rektor KUL (1965-70).

W roku 1959 podjął wykłady z teologii moralnej i nauk pokrewnych w Częstochowskim Seminarium Duchownym w Krakowie. Z czasem podjął także zajęcia w Wyższym Seminarium Duchownym Ojców Paulinów (1961-66), w Wyższym Śląskim Seminarium Duchownym (1966-68), w Wyższym Seminarium Misyjnym Księży Sercanów w Stadnikach (1967-68). Po doktoracie, w latach 1968-71, przebywał na stypendium naukowym we Fryburgu Szwajcarskim, gdzie miał sposobność zapoznać się z ówczesnymi nurtami posoborowej teologii moralnej, a także pogłębić znajomość języka francuskiego i niemieckiego, co dla pracy naukowej miało duże znaczenie. We Fryburgu Szwajcarskim studiował również w Instytucie Dziennikarstwa przy Uniwersytecie we Fryburgu.

Po powrocie do kraju ks. dr Jan Kowalski wznowił wykłady z teologii moralnej w Częstochowskim Seminarium Duchownym, zaś w 1978 r. zaangażowano go z wykładami z teologii moralnej ogólnej na studium podstawowym w Papieskim Wydziale Teologicznym w Krakowie. Stał się tu następcą kard. Karola Wojtyły na Katedrze Teologii Moralnej. W roku 1984 uzyskał stopień doktora habilitowanego na swojej macierzystej uczelni. 8 maja 1986 r. otrzymał nominację na docenta, a 5 lat później został profesorem nadzwyczajnym, zaś w 1997 r. profesorem zwyczajnym.

Był zastępcą profesora na Papieskim Wydziale Teologicznym w Krakowie i we Wrocławiu (od 1971). Ojcem duchownym (1962-63), wicerektorem, prefektem studiów (1974-78) i rektorem Wyższego Częstochowskiego Seminarium Duchownego (1978). Habilitacja w Papieskiej Akademii Teologicznej w Krakowie (1984), docent od 1985, od 1991 profesor nadzwyczajny, a od 1997 zwyczajny tej Uczelni. Dyrektor Archidiecezjalnego Wydawnictwa "Regina Poloniae" w Częstochowie. Ks. prof. Kowalski był Krajowym Duszpasterzem Nauczycieli i Wychowawców (1985 – 2002) i przez ten czas co roku organizował pielgrzymkę tego środowiska na Jasną Górę, sekretarz Polskiego Towarzystwa Teologicznego (1965-77), zastępca redaktora naczelnego Ruchu Biblijnego i Liturgicznego (od 1967), cenzor pism i programów katolickich w Archidiecezji Częstochowskiej, członek Archidiecezjalnej Rady Kapłańskiej i Kolegium Konsultorów.

Kapelan Honorowy Ojca św. (1976). Kanonik gremialny (teolog) Kapituły Bazyliki Archikatedry w Częstochowie (1995), kanonik honorowy Metropolitalnej Kapituły Wrocławskiej (1996). Natomiast w 2010 r. został podniesiony do godności protonotariusza apostolskiego. W 2002 r. otrzymał Doktorat honoris causa Papieskiego Wydziału Teologicznego we Wrocławiu, w 2007 r. od prezydenta Lecha Kaczyńskiego - Krzyż Oficerski Orderu Odrodzenia Polski za wybitne zasługi w kształtowaniu etyki, etosu pracy i doskonaleniu umiejętności warsztatu pracy nauczycieli i wychowawców.

Od początku swojej drogi naukowej ks. prof. Kowalski przejawiał żywe zainteresowanie europejską myślą moralną, mając do niej jednak krytyczny stosunek. Aktywnie uczestniczył w licznych kongresach międzynarodowych etyków i teologów, zwłaszcza obszaru języka francuskiego i niemieckiego. Nie tylko sam korzystał z ich przemyśleń i dorobku, ale też przekazywał teologom zachodnim dorobek polskiej teologii moralnej. Stąd bywał nazywany przez polskie środowisko teologiczne „teologiem europejczykiem”.

Kierunkami poszukiwań naukowych ks. prof. Jana Kowalskiego były m. in.: problematyka współczesnych wyzwań, chrystocentryzm we współczesnej teologii moralnej, sprawiedliwość społeczna, sytuacja współczesnego człowieka, etyka rynku, etyka życia, kapłaństwo i formacja kapłanów. Najwięcej uwagi poświęcił współczesnym kwestiom etycznym, takim jak: problematyka wojny i zbrojeń, inżynieria genetyczna, kara śmierci, eutanazja, moralne aspekty kultury i mediów, choroby AIDS, zagrożenia ze strony sekt i gnozy. Zawsze również chciał, aby klerycy i jego studenci byli ludźmi dobrze wykształconymi. Dbał dla nich o stypendia zagraniczne, szczególnie do Niemiec i Szwajcarii.

Ks. prof. J. Kowalski był autorem ponad 300 publikacji teologicznych, w tym książek m. in. „Wyzwania stawiane współczesnej teologii moralnej” (1996), „Źrenica oka diecezji. Siedemdziesięciopięciolecie Wyższego Seminarium Duchownego Kościoła Częstochowskiego (1926-2001) (2001).

Uroczystości pogrzebowe ks. prof. Jana Kowalskiego odbędą się kolejno 16 lutego o godz. 19.00 Mszy św. w kościele seminaryjnym pw. Jezusa Chrystusa Najwyższego i Wiecznego Kapłana w Częstochowie będzie przewodniczył bp Andrzej Przybylski, biskup pomocniczy archidiecezji częstochowskiej, 17 lutego o godz. 11.00 Mszy św. w archikatedrze Świętej Rodziny w Częstochowie będzie przewodniczył abp Wacław Depo, metropolita częstochowski. Następnie 19 lutego o godz. 11.00 Mszy św. w kościele parafialnym pw. Wniebowzięcia NMP w Gołczy k. Miechowa będzie również przewodniczył abp Wacław Depo. Po Mszy św. złożenie ciała ks. prof. Jana Kowalskiego na cmentarzu parafialnym.