Podczas II wojny światowej Warszawa była niszczona kilkakrotnie. Najpierw we wrześniu 1939 r., potem w czasie likwidacji powstania żydowskiego w getcie, a następnie w Powstaniu Warszawskim, kiedy to straty były największe. Po upadku Powstania Warszawskiego Warszawę skazano na zagładę. Ludność została wypędzona lub wywieziona do obozów koncentracyjnych. Niemcy przystąpili do planowego burzenia miasta. Rozkaz Hitlera z 11 października 1944 r. skierowany do gen. von dem Bacha polecał zrównanie Warszawy z ziemią, „jeżeli nie przeszkadzają temu względy wojskowe w zakresie fortyfikacji”. Specjalne niemieckie oddziały niszczycielskie (Vernichtungs-Kommando) plądrowały ulice i okradały mieszkania. Po grabieżach, dom za domem podpalano. Większe domy minowano. „To miasto ma całkowicie zniknąć z powierzchni ziemi i służyć jako punkt przeładunkowy dla transportu Wehrmachtu. Kamień na kamieniu nie powinien pozostać. Wszystkie budynki należy zburzyć aż do fundamentów” - zalecał z kolei organizator obozów koncentracyjnych i jeden z najbliższych współpracowników Hitlera, Heinrich Himmler.
Oprócz domów mieszkalnych i wielu świątyń zniszczone zostały tak ważne urządzenia dla życia miasta jak mosty, lotnisko, dworce kolejowe, elektrownia, stacja pomp wodociągowych, filtry, gazownia, znaczna część sieci tramwajowej. Całkowitemu zniszczeniu uległ też warszawski przemysł. Niemal wszystkie fabryki (90%) zostały zniszczone. Tyle samo placówek służby zdrowia. Węzeł kolejowy w granicach stolicy utracił 95% urządzeń.
Niedawno opublikowany na polecenie prezydenta Lecha Kaczyńskiego specjalny Raport o stratach wojennych Warszawy ocenia straty wojenne miasta na 45, 3 mld dol. Wyliczenia te dotyczą jedynie strat materialnych (poza muzealnymi i telekomunikacyjnymi). Nie zawierają się w nich straty związane z utratą życia bądź zdrowia ludności stolicy. W okresie II wojny światowej zmarło bądź zostało zamordowanych 650-700 tys. jej mieszkańców.
Łącznie zniszczonych zostało ok. 25, 5 tys. budynków, co stanowiło 70% ich ogólnej liczby. Ok. 40% z nich było zniszczonych całkowicie i nie nadawało się do odbudowy. Zniszczono 90% zabytkowych budowli, 95% obiektów kulturalnych, 70% szkolnych. W 90% zniszczono zasoby archiwalne. Z 31 pomników zniszczeniu uległo 22. Niemcy spalili zbiory Zamoyskich, Przeździeckich, Raperswilskie, Biblioteki Narodowej, Krasińskich i Czetwertyńskich, obejmujące ok. 50 tys. rękopisów, 2 tys. inkunabułów, 100 tys. starodruków. To tylko niektóre przykłady barbarzyństwa okupanta wobec polskiej kultury.
Zimą 1944/1945 Niemcy wysadzali w powietrze także ocalałe fragmentu murów warszawskich świątyń. W ten sposób ostatecznie zniszczona została katedra św. Jana Chrzciciela i inne kościoły na Starym Mieście, w Śródmieściu, a także kościół św. Floriana, obecna katedra diecezji warszawsko-praskiej.
Kiedy w styczniu 1945 r. stolica była wolna od Niemców, pierwszym zadaniem dla wojska było jej rozminowanie. Przystąpiono też do ekshumacji ciał z ponad 125 tys. mogił pospiesznie usypanych na ulicach i skwerkach.
Usuwanie gruzów i odbudowa Warszawy rozpoczęła się w 1945 r., zaraz po opuszczeniu stolicy przez Niemców. I choć władze komunistyczne przez dziesiątki lat podkreślały swoją inicjatywę w tym względzie, to odbudowa miasta była możliwa przede wszystkim dzięki woli narodu polskiego, który pragnął podźwignąć z ruin swoją stolicę, a także dzięki temu, że plany odbudowy opracowane były i realizowane pod kierunkiem najwybitniejszych polskich fachowców, głównie ocalałych przedwojennych profesorów i architektów.