Kardynała oskarżyło 10 ofiar ks. Preynata, który dopuścił się przestępczych czynów w latach 1986-91. Pracując w parafii w Sainte-Foy-lès-Lyon, obmacywał ponad 70 małoletnich skautów i zmuszał ich do seksu oralnego. Zdając sobie sprawę z bardzo poważnych oskarżeń kierowanych pod adresem tego duchownego, kard. Barbarin od początku przypominał, że w okresie, gdy doszło do tych czynów, nie był arcybiskupem Lyonu (został nim w 2002 r.) i nie krył żadnego przypadku pedofilii.

Dopiero w 2007/2008 został poinformowany o przeszłości kapłana, którego działaniami sprzed 1991 r. zajmowali się jego trzej poprzednicy. Przekonany, że „duchowny zerwał ze swą przeszłością”, kard. Barbarin potwierdził ks. Preynata w funkcji, jaką pełnił z nominacji poprzednich arcybiskupów Lyonu. Dopiero dzięki stowarzyszeniu ofiar „La Parole libérée” hierarcha uświadomił sobie, że zarzucane duchownemu czyny są „poważniejsze niż wydawało się w 2007/2008 roku”. Jednak „żaden fakt, o którym wiemy, nie jest późniejszy niż z 1991 roku”.

W 2014 r. kardynał po raz pierwszy otrzymał bezpośrednie świadectwo jednej z ofiar i - po zasięgnięciu opinii Kongregacji Nauki Wiary - w 2015 r. zawiesił duchownego w obowiązkach proboszcza. Stało się to jeszcze zanim jedna z ofiar molestowania złożyła doniesienie do prokuratury.

Choć pierwsze dochodzenie zakończyło się 1 sierpnia 2016 r. jego umorzeniem bez nadawania sprawie dalszego biegu, to jednocześnie prowadzono drugie śledztwo z powodu doniesienia złożonego w lutym ub.r. przez „urzędnika wysokiego szczebla” z ministerstwa spraw wewnętrznych. Zakończyło się ono w grudniu 2016 r. Kard. Barbarin wyraził wówczas radość z faktu, że wymiar sprawiedliwości „wprowadził nieco prawdy i pokoju po zażartych i niekiedy oszczerczych polemikach”.

Ponowne umorzenie dochodzenia przez prokuraturę nie zakończyło jednak sprawy. Po niepomyślnej dla siebie decyzji z sierpnia 2016 r., w maju 2017 r. stowarzyszenie „La Parole libérée” skierowało bowiem do sądu poprawczego w Lyonie [sądzącego wykroczenia, a nie przestępstwa - KAI]. Archidiecezja wyraziła wówczas ubolewanie z powodu „zawziętości, która obrała niewłaściwy cel” i że „przedłożono nowe kroki prawne nad dialog, który kilkakrotnie proponowały władze diecezjalne”.

Po wyroku z marca br. kard. Barbarin, który cały czas utrzymywał, że jest niewinny, postanowił złożyć apelację. Jednocześnie złożył dymisję na ręce papieża, który jednak jej nie przyjął, sugerując, by zamiast składać rezygnację, hierarcha wycofał się na jakiś czas z kierowania archidiecezją. „Gdybym teraz przyjął twoją rezygnację, to uznałbym twoją winę” – powiedział Franciszek kard. Barbarinowi, wskazując na „domniemanie niewinności” jako powód swej decyzji.

Początkowo kardynała zastępował wikariusz generalny ks. Yves Baumgarten, jednak w czerwcu papież mianował administratora apostolskiego sede plena archidiecezji, którym został bp Michel Dubost, emerytowany ordynariusz diecezji Évry-Corbeil-Essonnes.

73-letni obecnie ks. Preynat został w lipcu 2019 r. uznany przez sąd kościelny winnym molestowania i usunięty ze stanu duchownego. Od 13 do 17 stycznia br. w Lyonie odbył się jego proces przed sądem państwowym. Duchowny przyznał się do winy. Prokurator zażądał dla niego kary ośmiu lat więzienia. Ogłoszenie wyroku nastąpi 16 marca.