Uczynili to podczas specjalnego nabożeństwa pokutnego odprawionego w Środę Popielcową w archikatedrze św. Jana na Starym Mieście i katedrze św. Floriana na Pradze.
W nabożeństwie, któremu w archikatedrze przewodniczył prymas Polski kard. Józef Glemp, uczestniczyło prawie 100 kapłanów z dekanatów warszawskich. Księża z pozostałych dekanatów zgromadzili się w kościołach stacyjnych pod przewodnictwem biskupów pomocniczych. Razem z duchownymi modlili się również wierni świeccy.
Nabożeństwo w katedrze rozpoczął śpiew Litanii do Wszystkich Świętych i uroczyste wniesienie księgi Ewangelii, które przypomniało zgromadzonym, że życie w prawdzie jest możliwe tylko dzięki przyjęciu całej Ewangelii.
Homilię wygłosił kard. Józef Glemp. Komentując słowa Ewangelii mówiące o zapowiedzianej przez Jezusa zdradzie, Prymas Polski stwierdził, że „Judasz i jego grzech to nie tylko zdrada, ale też to, że ze zdrady nie potrafił się wycofać”. Hierarcha podkreślił, że akt pokuty, wyznanie win i wgłębienie się we własne sumienie jest formą oddania chwały Bogu.
Nawiązując do wydarzeń, które miały miejsce w katedrze św. Jana na początku stycznia, kard. Józef Glemp przypomniał, że abp Stanisław Wielgus, przeznaczony do kierowania archidiecezją warszawską, nie mógł ostatecznie podjąć tego zadania. - Przeszkoda, która stanęła przed nim, rozpoczęła u niego wielki okres pokuty. Nie tylko za osobistą słabość, ale również za słabości innych - mówił Prymas Polski. Dodał, że abp Wielgus nie uczynił żadnego zła, nikogo nie oskarżył, a jednak przeżył dużo cierpień. - Jeżeli Papież kieruje do niego list pełen miłości, to znaczy, że obejmuje całego człowieka w jego egzystencji ludzkiej i Boskiej - mówił Prymas.
Jego zdaniem, za dużo jest wśród nas wrogości, miotanych złych słów, oskarżeń, a za mało przebaczenia.
Po homilii wszyscy uczestnicy nabożeństwa uklęknęli i rozpoczął się akt pokuty wzorowany na „wyznaniu win” Kościoła, jakie miało miejsce w 2000 r. w Bazylice św. Piotra z udziałem Jana Pawła II. Po modlitwie nastąpił obrzęd posypania głów popiołem na znak pokuty, a następnie rozpoczęła się adoracja Najświętszego Sakramentu. W czasie adoracji kapłani mogli przystąpić do spowiedzi św. Na zakończenie nastąpiło odnowienie przyrzeczeń kapłańskich.
Podobny przebieg miało nabożeństwo pokutne w katedrze św. Floriana na Pradze, gdzie zgromadzili się kapłani diecezji warszawsko-praskiej pod przewodnictwem swojego ordynariusza abp. Sławoja Leszka Głódzia. Tam przed rozpoczęciem liturgii odczytano list Benedykta XVI do abp. Wielgusa. - Jesteśmy pierwszą grupą społeczną w Polsce, która w sposób otwarty i klarowny stanęła wobec problemu oczyszczenia pamięci, poznając dokumenty wytworzone przez SB. Stanęliśmy w prawdzie wobec naszych braci, którzy ulegli słabości, oraz tych, którzy zła się nie ulękli - mówił w homilii abp Głódź.