„Niech wołanie o pokój z tego miejsca dotrze do wszystkich na całym świecie”
Jan Paweł II, Toruń, 7 czerwca 1999 r.

Najważniejszym wydarzeniem w życiu młodej Diecezji Toruńskiej była wizyta Ojca Świętego Jana Pawła II w grodzie Kopernika 7 czerwca 1999 r.
Przed wizytą Jana Pawła II w Toruniu biskup toruński Andrzej Suski skierował do wiernych następujące słowa: „Dzień 7 czerwca zapisze się złotymi zgłoskami w dziejach naszej diecezji i naszej ziemi. Jesteśmy świadomi doniosłości wizyty apostolskiej w Toruniu, jej szczególnego znaczenia także z tego względu, że po raz pierwszy Pasterz Kościoła powszechnego nawiedzi tę ziemię i nasz młody Kościół lokalny w siódmym roku jego istnienia. Jak pierwsi chrześcijanie prosili św. Piotra: «Przybądź do nas bez zwłoki» (Dz 9, 38), tak również nasze serca oczekują Piotra tych czasów z uczuciami radości i nadziei, że umocni wiarę swoich braci oraz odnowi ducha naszej wspólnoty”.
Na toruńskim lotnisku Papieża powitały władze lokalne i hierarchia Kościoła. Po odpoczynku w Domu Biskupim i prywatnym nawiedzeniu katedry Jan Paweł II udał się na Uniwersytet Mikołaja Kopernika w Toruniu, aby spotkać się z przedstawicielami świata nauki. Tu oczekiwało na dostojnego gościa ok. 1200 osób reprezentujących najważniejsze ośrodki myśli naukowej. Spotkanie Jana Pawła II ze światem nauki na świeckiej uczelni było pierwsze tego typu w Polsce. Nawiązano podczas niego do encykliki Jana Pawła II „Fides et ratio”. Po spotkaniu na Uniwersytecie Ojciec Święty udał się na toruńskie lotnisko, gdzie przy udziale ponad 300 tys. wiernych dokonał aktu beatyfikacji sługi Bożego ks. Stefana Wincentego Frelichowskiego.

„Chciałbym przypomnieć jeszcze raz piękną postać błogosławionego kapłana Stefana Wincentego Frelichowskiego, którego dane mi było wynieść do chwały ołtarzy podczas nabożeństwa czerwcowego sprawowanego w Toruniu. Ten kapłan - męczennik jest darem dla Kościoła Toruńskiego i dla całego Kościoła w Polsce. Oddał swoje kapłańskie życie Bogu i ludziom, zaświadczając raz na zawsze, że miłość potężniejsza jest od śmierci i że miłość zawsze zwycięży. Stawiam go Wam wszystkim za wzór, a w szczególny sposób kapłanom. Strzeżcie i rozszerzajcie pamięć współczesnego bohatera i człowieka pokoju”.
Jan Paweł II
Watykan, 17 listopada 1999 r.

„Dzielmy się tym Bożym pokojem z innymi, tak jak to czynił błogosławiony kapłan i męczennik Wincenty Frelichowski. W ten sposób staniemy się zaczynem pokoju w świecie, w społeczeństwie, w środowisku, w którym żyjemy i pracujemy. Zwracam się z tym apelem do wszystkich bez wyjątku, a zwłaszcza do Was, drodzy Kapłani. Bądźcie świadkami miłosiernej miłości Boga. Głoście z radością Ewangelię Chrystusa, rozdając Boże przebaczenie w sakramencie pojednania. Przez swoją posługę starajcie się przybliżać każdego do Chrystusa - Dawcy pokoju”.
Jan Paweł II
Toruń, 7 czerwca 1999 r.

„Dzięki składam Bogu, że dane mi było dzisiaj nawiedzić Toruń, prastary gród nad Wisłą, i wspólnie z Wami z głębi wielu serc, a także z głębi dziejów Kościoła na tej ziemi wyznać na nowo Bożemu Sercu: «Twoją jesteśmy własnością i do Ciebie należeć chcemy». Niech to wspólne wyznanie i zawierzenie stanie się bramą trzeciego tysiąclecia, radosnym przejściem w nowe czasy”.
Jan Paweł II
Toruń, 7 czerwca 1999 r.

„Jeszcze pragnę pozdrowić Toruń. (…) Dziękuję Księdzu Biskupowi i Wam wszystkim za gościnę w Waszym pięknym mieście oraz na Uniwersytecie. Bóg zapłać!”
Jan Paweł II
Watykan, 17 listopada 1999 r.