Miejsce, w którym stoi, ma także swoją historię. Jezuici nabyli teren, na którym prawdopodobnie znajdowały się ruiny dawnego zamku książąt głogowskich z 1406 r. Przy zamku znajdował się niewielki kościółek, który – choć bardzo skromny – zaczął pełnić rolę kaplicy zamkowej. Całość staje się własnością jezuitów w 1653 r. Podejmują oni prace budowlane, ale ich pierwszy kościół okazał się zbyt małym obiektem. W 1696 r. postanowili go znacznie rozbudować. Projektantem nowego kościoła był włoski architekt Giulio Simonetti. Nowy, imponujący obiekt oddano do użytku w 1702 r., jednak już w 1711 r. kościół spłonął wraz z wyposażeniem. Rozpoczęto jego odbudowę.

Z zewnątrz najbardziej efektowna jest elewacja zachodnia z głównym wejściem. Jej twórcą był Adam Karinger. Fasadę ozdobiono trzema portalami, głównym i dwoma bocznymi. Kościół posiada bardzo wiele kaplic. Po ostatniej wojnie wiele z nich zostało zniszczonych, jednak do dziś są one świadectwem piękna tej świątyni. Za Internetową Encyklopedią Ziemi Głogowskiej wymienię je po kolei: kaplica Najświętszej Maryi Panny (malowidła częściowo zachowane stanowią wizualizację wezwań hymnu „Salve Regina”), kaplica św. Judy Tadeusza, kaplica św. Alojzego, kaplica św. Jana Nepomucena zachowała oryginalny ołtarz ufundowany przez księcia von Liechtenstein, kaplica Matki Bożej Bolesnej posiada zachowany oryginalny barokowy ołtarz, kaplica św. Feliksa, a dawniej św. Anny, kaplica św. Franciszka Ksawerego z oryginalnym ołtarzem z 1717 r. i ostatnia kaplica przed zakrystią, czyli dawna Świętego Krzyża.

Kolejny wielki pożar miał miejsce w 1758 r., w wyniku czego obiekt popada w ruinę. Dopiero w 1796 r. rozpoczęto odbudowę. Niestety kolejny pożar, tym razem wnętrza świątyni, z 1809 r. spowodował przekazanie obiektu na potrzeby wojska. Świątynia od 1833 do 1945 r. pełniła rolę kościoła garnizonowego. Ostatnia wojna doprowadziła do nieodwracalnych zniszczeń w kolegium i samym kościele.

Bardzo mocno zniszczony kościół był odbudowywany etapami. Wielką stratą było zniszczenie znacznej części oryginalnego wyposażenia i wystroju. Obecny ołtarz i organy pochodzą z protestanckiego kościoła w Kożuchowie. Do roku 1960 kościołem zajmowali się głogowscy redemptoryści. Następnie władze przekazały kościół parafii pw. św. Mikołaja. Wielkie zasługi dla dzieła odbudowy miał ks. Zbigniew Kutzan, który rozpoczął odbudowę części kolegium, urządził salki katechetyczne, zorganizował Dom Rekolekcyjny, biuro parafialne i mieszkania dla księży. Prace kontynuował ks. kan. Stanisław Jaworecki. W ostatnim czasie uporządkowane zostały imponujące podziemia kościoła. Dawniej spoczywały tu doczesne szczątki zakonników. Nowy proboszcz ks. kan. Stanisław Brasse rozpoczął nowe remonty i rekonstrukcje. Widać u nowego proboszcza, z pochodzenia głogowianina, szczególną miłość do tych „przedsionków Pańskich”. Dzieje się już wiele, a będzie robione jeszcze więcej.