Badania, których przedmiotem były krzeszowskie organy Englera, prowadzone były w różnych aspektach i dotyczyły wielu dziedzin. Ich celem było przygotowanie rzetelnej dokumentacji obiektu z myślą o przeprowadzeniu remontu kapitalnego całego instrumentu.
W powojennej historii organy służyły przede wszystkim celom liturgicznym. Wielokrotnie organizowane były także koncerty, których wykonawcami byli niejednokrotnie wybitni muzycy. Z biegiem czasu stan techniczny instrumentu pogarszał się. Brak regularnych przeglądów i konserwacji uniemożliwiał coraz bardziej pełne wykorzystanie walorów brzmieniowych organów. Głosy podejmujące temat konieczności przeprowadzenia remontu kapitalnego zaczęły dochodzić coraz częściej z różnych stron. Inicjatywę podjął urząd Wojewódzkiego Konserwatora Zbytków w Jeleniej Górze, który zlecił przeprowadzenie prac badawczych oraz przygotowanie dokumentacji Jarosławowi Stępowskiemu. Już po wstępnych oględzinach, które przeprowadzono w kwietniu 1977 r. wiadomo było, że zmiany mogły dotyczyć w nieznacznym stopniu osiemnastowiecznej materii instrumentu. Wykonanie dokumentacji menzuracyjnej wszystkich głosów oraz dokumentacji pomiarowej przeprowadzone zostało przez Bogdana Mozera i Jarosława Stępowskiego. Działania te poprzedziło opracowanie techniki pomiarowej oraz instrukcji pracy przy dokumentacji menzuracyjnej przez Jerzego Erdmana. Sporządzona została także dokumentacja zdjęciowa, rysunkowa oraz fotogrametria prospektu autorstwa Bogdana Mozera.
W roku 1997 przystąpiono do prac konserwatorskich przy prospekcie organowym. Pełną konserwację obiektu zaplanowano na cztery lata, dzieląc całość zadania na cztery etapy.
Ważnym wydarzeniem historycznym, które miało duży wpływ na przywrócenie należytego miejsca sanktuarium Matki Bożej Łaskawej w Krzeszowie w życiu religijnym i społecznym, było powołanie do istnienia diecezji legnickiej w 1992 r. Pierwszy biskup legnicki Tadeusz Rybak, ustanowił historyczne miejsce kultu Matki Bożej Łaskawej w Krzeszowie głównym sanktuarium diecezji. Wymagający od wielu lat licznych działań konserwatorskich kompleks historycznych obiektów krzeszowskiego sanktuarium nie mógł od razu podołać wszystkim zaplanowanym inicjatywom. Kompleksowa rewaloryzacja bazyliki Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny wraz z zespołem klasztornym stała się przedmiotem troski nowej diecezji, ze szczególnym osobistym zaangażowaniem jej pierwszego biskupa.
Przygotowaniem oraz koordynacją zadań konserwatorskich zajęła się Legnicka Kuria Biskupia. Osobą bezpośrednio odpowiedzialną za przygotowanie harmonogramu prac wraz z odpowiednią dokumentacją konserwatorską poszczególnych obiektów mianowany został ks. dr Józef Lisowski, kanclerz Kurii. Z inicjatywy Referatu Muzyki Kościelnej Legnickiej Kurii Biskupiej do prac konserwatorskich, które miały być wykonane w pierwszym etapie włączona została kompleksowa rewaloryzacja zabytkowych organów Michaela Englera w krzeszowskiej bazylice. W ramach inicjatyw podejmowanych przez Referat Muzyki Kościelnej, działania związane z konserwacją zabytkowych organów na terenie diecezji znalazły się wśród zadań priorytetowych. Powołana więc została specjalna Komisja Konserwatorska, a w jej skład weszły następujące osoby: ks. prof. dr hab. Jan Chwałek, prof. KUL, muzykolog, rzeczoznawca Ministerstwa Kultury i Dziedzictwa Narodowego; prof. dr hab. Jerzy Gołos, rzeczoznawca Ministerstwa Kultury i Dziedzictwa Narodowego; prof. Julian Gembalski rektor Akademii Muzycznej w Katowicach, organista wirtuoz, kierownik klasy organów Akademii Muzycznej w Katowicach; mgr Bolesław Bielawski, kierownik Oddziału Dokumentacji Zabytków w Warszawie; mgr Jarosław Stępowski, rzeczoznawca Ministerstwa Kultury i Dziedzictwa Narodowego; prof. Antonin Schindler (Czechy), muzykolog, organista, kurator organów Michaela Englera w kościele parafialnym pw. św. Maurycego w Ołomuńcu; ks. mgr Piotr Dębski, muzykolog, referent Legnickiej Kurii Biskupiej ds. Muzyki Kościelnej.
Skład komisji, wraz z jej przewodniczącym w osobie ks. Piotra Dębskiego, po zatwierdzeniu przez Legnicką Kurię Biskupią uzyskał aprobatę Wojewódzkiego Oddziału Służby Ochrony Zabytków we Wrocławiu Oddział w Jeleniej Górze.
Z inicjatywy Kurii podjęto działania mające na celu pozyskanie środków z funduszy Unii Europejskiej na rzecz rewitalizacji całego obiektu, jakim jest sanktuarium w Krzeszowie. Po ogłoszeniu decyzji o przyznanych środkach na prace konserwatorskie w bazylice, na remont organów przeznaczono kwotę w wysokości 40% kosztów zadania. Pozostałe środki, dzięki staraniom Legnickiej Kurii Biskupiej, pozyskane zostały od sponsorów. Przyjęta od początku przez Referat Muzyki Kościelnej koncepcja konserwacji organów miała charakter integralny. Oznaczało to wykonanie pełnej i gruntownej rewaloryzacji organów wraz z konserwacją prospektu. Zadania te poprzedziły prace przygotowawcze. Objęły one swym zakresem remont wielkiego okna wewnątrz organów, remont instalacji elektrycznej w całej strefie otaczającej organy i chór, także remont całego przęsła sklepienia połączone z renowacją malowideł, znajdujących się nad organami oraz w ich wnętrzu. Celem tak przygotowanego harmonogramu była eliminacja jakichkolwiek działań, które mogłyby zaszkodzić efektom pracy przy samych organach. Konserwację okna przeprowadziła firma Zbigniewa Brzezińskiego z Legnicy, kończąc zadania w listopadzie 2005 r. Prace przy konserwacji sklepienia wraz z renowacją polichromii wykonano w latach 2005-2006.
17 maja 2006 r. dokonano wyboru firmy organmistrzowskiej. Spośród nadesłanych ofert wyłoniono Firmę Jehmlich Orgelbau Dresden GmbH. Po zawarciu umowy przystąpiono do realizacji zadania. Prace konserwatorskie przy miechach oraz konduktach powierzono polskiej firmie organmistrzowskiej Andrzeja Kowalewskiego. Prace przy demontażu instrumentu rozpoczęto w styczniu 2007 r.. W lutym 2007 r. ks. kanclerz Józef Lisowski podjął decyzję, by remont organów został zrealizowany bez podziału na dwa etapy. W związku z tym 12 kwietnia 2007 r. podpisana została nowa umowa z wykonawcą na przeprowadzenie wszystkich prac przewidzianych w programie konserwatorskim.
Tak więc, dzięki owocnej współpracy w dziele ratowania i konserwacji zabytków pomiędzy diecezją legnicką a instytucjami partnerskimi, możliwe stało się przeprowadzenie pełnej konserwacji organów. Realizację zadania wsparły takie instytucje jak: Fundacja Polska Miedź, Europejski Fundusz Rozwoju Regionalnego oraz Ministerstwo Kultury i Dziedzictwa Narodowego. Prace konserwatorskie i rekonstrukcyjne przy organach wykonała firma Jehmlich z Drezna w latach 2007 - 2008 pod merytorycznym nadzorem prof. Andrzeja Chorosińskiego, ks. Piotra Dębskiego oraz Jarosława Stępowskiego. Konserwację prospektu wykonał zespół konserwatorów pod kierownictwem Marii Lelek w latach 2006-2007. Przywrócono organom pełną sprawność techniczną, estetyczną i brzmieniową. Krzeszowskie organy w chwili obecnej stwarzają unikalną możliwość realizacji bogatego repertuaru muzyki epoki baroku na instrumencie pochodzącym z tej epoki.