Jakub Filek urodził się 4 lipca 1918 r. w Barwałdzie Średnim w rodzinie rolniczej. Dzieciństwa nie wspomina najlepiej. Zbyt wczesna śmierć ojca i wychowywanie sześciorga dzieci przez matkę i niezbyt przychylnego pasierbom ojczyma sprawiły, że najmłodszy Jakubek miał wiele powodów, aby zapłakać nad swym losem. Dobre oceny w szkole, katolickie tradycje w rodzinie oraz namowa krewnych wpłynęły na decyzję chłopca, który jako trzynastolatek wstąpił do Zakonu Karmelitów Bosych. W Konwikcie Karmelitów w Wadowicach, dokąd zawiozła go starsza siostra Wikta, zdał egzamin wstępny i pod koniec sierpnia 1931 r. został przyjęty do II klasy Gimnazjum. Po ukończeniu pięciu klas odbył roczny nowicjat w Czernej, gdzie w 1936 r. złożył śluby zakonne. W 1938 r. zdał egzamin maturalny. Jego praca maturalna z języka polskiego: „Współzależność literatury z życiem narodu”, została wyróżniona jako najlepsza przez wizytatora krakowskiego kuratorium. Po rocznej przerwie, spowodowanej chorobą, w 1939 r. młody zakonnik rozpoczął studia we Lwowie.

Ciężkie lata wojenne

Wojna i zniewolenie kraju przez niemiecki i sowiecki totalitaryzm przerwały studia. - Pamiętam, jak potężny pocisk uszkodził mury klasztoru - wspomina o. Otto. - Był to widomy znak wojny. 23 września 1939 r. żołnierze Związku Sowieckiego opanowali Lwów, w tym i nasz klasztor. Szukali przede wszystkim, wódki, wędlin i polskich oficerów.
Pod koniec października brat Otto przedostał się przez Przemyśl do Krakowa, gdzie przeżył lata okupacyjne. W Seminarium Karmelitów Bosych przy ul. Rakowickiej kontynuował w konspiracji studia teologiczne. W warunkach stałego zagrożenia i dotkliwego niedostatku 24 czerwca 1944 r. przyjął święcenia kapłańskie. W czasie studiów w seminarium opanował również język francuski, co wraz ze znajomością łaciny okazało się przydatne w jego dalszej służbie zakonnej i pracy naukowej.

W roli redaktora „Głosu Karmelu”

Od września 1945 r. o. Otto Filek był magistrem kleryków w Seminarium Karmelitów Bosych w Wadowicach, a następnie (od 1946 r.) w Seminarium Karmelitów Bosych w Krakowie. Równocześnie Prowincjał powołał go na redaktora „Głosu Karmelu”. - Prowadzenie zajęć w seminarium i równoczesne redagowanie poważnego periodyku katolickiego było pracą bardzo czasochłonną i trudną - opowiada o. Otto. - Dlatego przełożeni zwolnili mnie z zajęć w klerykami, abym mógł zająć się redagowaniem „Głosu Karmelu”. Było to czasopismo, które miało służyć głównie duchowieństwu. Propagowaliśmy w nim idee religijne, misję zakonu, ukazywały się artykuły dotyczące życia duchowego.
Taki profil katolickiego czasopisma nie był na rękę władzom komunistycznym, które przy pomocy Urzędu Bezpieczeństwa ściśle nadzorowały i cenzurowały wydawnictwo. Redaktor z każdym tekstem musiał meldować się u funkcjonariuszy UB, którzy z wyjątkową starannością go cenzurowali, wycinając niemałe fragmenty i opóźniając publikację. Przy okazji o. Otto usłyszał wiele gorzkich uwag i obelg. - W czasie jednej z takich wizyt w UB, gdy stanowczo sprzeciwiałem się drakońskiej cenzurze, uznając, że jest to równoznaczne z zamknięciem pisma, zaczęto stawiać mi ostre zarzuty - wspomina. - W końcu, podobnie jak wiele czasopism katolickich, i nasz miesięcznik zlikwidowano. Jednak prześladowania ze strony UB wobec mnie jeszcze się nasiliły. Byłem wielokrotnie przesłuchiwany, straszony, wyzywany. Żądano ode mnie zeznań dotyczących życia w klasztorze. Gdy im powiedziałem: „Jak pan Bóg może znieść takich drabów przy władzy”, to mi zarzucono, że jestem wrogiem ustroju. Wtedy odpowiedziałem, że będąc osobą duchowną, jestem powołany, by służyć w prawdzie Bogu i ludziom. Wiem, że były na mnie donosy…
Nie udało się służbom bezpieczeństwa złamać o. Filka, ani namówić go do współpracy. Za wierną zakonnym ślubom postawę pozbawiono go na wiele lat możliwości wyjazdu na zagraniczne studia, odmawiając wydania paszportu.

Praca naukowo-dydaktyczna

O. Otto ma swój udział w tworzeniu wydawnictwa „Biblioteca Carmelitana” W dorobku zasłużonego redaktora znajduje się ponad 80 artykułów i rozpraw o charakterze naukowym i publicystycznym. Upowszechniał np. wiedzę o życiu i nauce reformatora Karmelu, św. Jana od Krzyża. Jako postulator rozpoczętego w Łodzi procesu beatyfikacyjnego o. Anzelma Gądka tłumaczył z łaciny jego publikacje, m.in. „Normy duchowe”, a jako cenzor, ukazywał naukowy i duchowy dorobek.
Jednak wiodącą misją o. Otto była praca w roli wychowawcy kleryków. Gdy władze polityczne i UB sprzeciwiły się jego kapłańskiej posłudze w Krakowie, jako „osobnikowi szkodliwie oddziałującemu na młodzież”, na rok skierowany został do pracy duszpasterskiej w Kluszkowcach, a w latach 1954-57 do Poznania, gdzie był magistrem kleryków w Kolegium Filozoficzno-Teologicznym. Po odbyciu studiów na KUL-u zdobył tytuł licencjata, który dawał uprawnienia do wykładów na katolickich uczelniach m.in. w dziedzinie dogmatyki, teologii moralnej i historii Kościoła. Również na katolickiej uczelni w Lublinie doktoryzował się w 1961 r.
Kolejne 30 lat życia o. Otto Filka to głównie praca dydaktyczno-naukowa na uczelniach katolickich w Krakowie i w Warszawie. W tym czasie, z wyboru Kapituły Generalnej Zakonu Karmelitów, pełnił przez dwie kadencje urząd Prowincjała Zakonu Karmelitów Bosych. Gdy po latach wydano mu wreszcie paszport, mógł zrealizować pragnienia wyjazdu do Rzymu (uczestniczył tam w Kongresach Kapituły Generalnej Zakonu) oraz znanych sanktuariów i klasztorów zakonnych Europy Zachodniej.
O. Otto, jako postulator i cenzor, ma swój udział również w wyniesieniu na ołtarze polskich błogosławionych, m.in. Anieli Salawy. Obecnie, mimo sędziwego wieku, wyjeżdża z Krakowa, gdzie mieszka jako ojciec senior w klasztorze Karmelitów Bosych, do Łodzi, aby uczestniczyć w staraniach o beatyfikację karmelity o. Anzelma Gądka.