Gdy w roku 1993 do Księdza Arcybiskupa dotarła informacja, iż została wydana zgoda na budowę kilku kościołów, w tym kościoła na pl. Niepodległości w Łodzi, zaczął realizować powzięty wcześniej zamiar. Ogłoszono konkurs na projekt świątyni, w wyniku którego wybrano koncepcję młodych łódzkich architektów. 1 września 1996 r. Ordynariusz łódzki erygował parafię pw. bł. s. Faustyny Kowalskiej (pl. Niepodległości). Budowę kościoła i organizację życia parafialnego powierzył ks. Wiesławowi Potakowskiemu. Projekt kościoła był gotowy w grudniu 1996 r., a 28 marca 1997 r. Ksiądz Arcybiskup przy licznym udziale wiernych poświęcił krzyż ustawiony w miejscu, na którym miał stanąć kościół. Tego roku w Niedzielę Miłosierdzia Bożego abp Ziółek poświęcił plac i odprawił pierwszą Mszę św. w tymczasowej drewnianej kaplicy. Od maja 1997 r. Msze św. i sakramenty były sprawowane we wspomnianej kaplicy. 1 września rozpoczęła działalność kancelaria parafialna. Pierwszym wikariuszem został ks. Jacek Tkaczyk.
28 czerwca 1997 r. ks. Wiesław Potakowski odebrał z UM Łodzi pozwolenie na budowę nowego kościoła. Autorami projektu byli architekci: Paweł Marciniak, Dariusz Witasiak i Robert Sobański. Projekt konstrukcyjny wykonał inż. Józef Frey. Nadzór techniczny nad budową przejął społecznie inż. Józef Bies. 7 sierpnia 1997 r. abp Władysław Ziółek rozpoczął symbolicznie wykopy pod fundamenty kościoła, które wylano 5 września. 6 listopada położono strop nad dolną częścią kościoła, a 30 listopada przeniesiono kaplicę do dolnego kościoła, gdzie odprawiona została pierwsza Msza św. i rekolekcje adwentowe. 21 grudnia Pasterz łódzki poświęcił kaplicę oraz obraz św. Faustyny namalowany przez Grażynę Grzegorzewską i Marzenę Kalinowską. 19 kwietnia 1998 r. podczas uroczystości odpustowych ku czci Miłosierdzia Bożego ks. prał. Józef Masłowski poświęcił wizerunek Jezusa Miłosiernego będący wierną kopią obrazu wileńskiego, namalowanego w 1934 r. przez Eugeniusza Kazimirowskiego według wskazówek św. Faustyny.
W 1999 r. w ciągu ośmiu miesięcy wzniesiono mury świątyni, które w roku 2000 przykryto dachem, postawiono także wieżę i zamontowano okna, w których umieszczono witraże przedstawiające stacje drogi krzyżowej. 30 kwietnia 2000 r. delegacja parafii uczestniczyła w kanonizacji s. Faustyny, która miała miejsce w Rzymie. Od tego dnia parafia nosi wezwanie św. Faustyny Kowalskiej. Pierwsze misje parafialne, poprowadzone przez księży jezuitów, rozpoczęły się 7 października 2001 r. 14 października pod przewodnictwem abp. Władysława Ziółka odbyła się uroczystość wmurowania aktu erekcyjnego i kamienia węgielnego oraz poświęcenia murów kościoła. 9 kwietnia 2004 r. Metropolita łódzki poświęcił czternastometrowy krzyż (papieski pastorał) w prezbiterium kościoła, a 5 października (dzień odpustu parafialnego) poprowadził pierwszą procesję z relikwiami św. Faustyny do archikatedry. 10 grudnia 2005 r. św. Faustyna została ustanowiona Patronką miasta Łodzi.
W 2006 r., w przeddzień Święta Miłosierdzia Bożego, odbył się w parku Wenecja pierwszy festyn św. Faustyny. W 2007 r. bp Ireneusz Pękalski poświęcił kościelne ławki i sedilia w prezbiterium. Natomiast 5 października 2008 r. abp Władysław Ziółek poświęcił pomnik św. Faustyny. We wrześniu bieżącego roku w świątyni ustawiono kamienny ołtarz, ambonkę i chrzcielnicę oraz zamontowano balustradę na chórze.
W dniach 7-8 września parafię nawiedziła Matka Boża w znaku Jej Jasnogórskiego Obrazu. Do wizyty Matki Bożej, a także do uroczystości konsekracji kościoła przygotowały wspólnotę parafialną misje święte prowadzone przez kapucyna - o. Zdzisława Dumę. Na krótko przed konsekracją zamontowano tabernakulum i witraż w oknie pod wieżą kościoła przedstawiający Jezusa i św. Faustynę, wykonany przez Adama Gdulę.