Z woli prymasa Polski, obok kierowania seminarium, powierzone zostało B. Wojtusiowi rektorstwo kościoła kolegiackiego pod wezwaniem św. Jerzego w Gnieźnie. Ponadto mianowany został kanonikiem gremialnym i prałatem prepozytem kapituły kolegiackiej przy wspomnianym wyżej kościele. Świątynia ta służyła celom duszpasterskim i formacyjnym kleryków. Wybór kard. Karola Wojtyły na papieża wywarł pozytywny wpływ na życie Kościoła w Polsce i wzrost powołań. Kard. Stefan Wyszyński podjął decyzję o budowie nowego gmachu seminaryjnego w Gnieźnie i zatwierdził jego projekt. W czasie kadencji rektorskiej B. Wojtusia rozpoczęto budowę nowego gmachu (15.07.1982 r.). Pierwsi alumni zamieszkali w nowym budynku w 1988 r.

Należy też wspomnieć, że za czasów urzędowania ks. rektora B. Wojtusia, obok prac przy wznoszeniu nowego gmachu seminarium, prowadzone były prace na zapleczu gospodarczym. Powstawał nowy kompleks gospodarczy, magazyny, masarnia i stolarnia, a także sukcesywnie remontowano stary gmach seminarium.

Dnia 24.09.1988 r. papież Jan Paweł II prekonizował B. Wojtusia biskupem pomocniczym archidiecezji gnieźnieńskiej. Nominat otrzymał stolicę tytularną Vassinassa. Sakry biskupiej udzielił mu kard. J. Glemp, prymas Polski, 8.10.1988 r. w bazylice prymasowskiej w Gnieźnie. W związku z wyniesieniem go do godności biskupiej prymas 1.01.1989 r. zwolnił go z obowiązków rektora, pozostawiając mu część zajęć dydaktycznych, między innymi wykłady ze spowiednictwa.

Z chwilą mianowania wikariuszem generalnym B. Wojtuś rozpoczął pracę w Kurii Metropolitalnej w Gnieźnie. W 1989 r. został członkiem Komisji Episkopatu Polski ds. rodzin. Natomiast 22.02.1991 r. kard. J. Glemp mianował go kanonikiem gremialnym kapituły prymasowskiej w Gnieźnie. Trzy lata później, został wybrany jej prepozytem. Podczas pełnienia przez bp. B. Wojtusia tego urzędu rozpoczęto w jego domu biskupim tworzenie kapitularza kapitulnego, do którego przeznaczył niektóre zabytkowe meble.

Stolica Apostolska dekretem z 28.01.1992 r. mianowała go wizytatorem apostolskim seminariów diecezjalnych w Koszalinie, Gorzowie i Szczecinie, a także zakonnych - cystersów, braci mniejszych, pijarów, kanoników regularnych laterańskich, Zgromadzenia św. Michała Archanioła, Zgromadzenia Księży Misjonarzy i Instytutu Teologicznego Księży Misjonarzy oraz Zgromadzenia Zmartwychwstańców w Krakowie.

W związku z reorganizacją kurii, którą dokonał abp Henryk Muszyński w 1992 r., mianował bpa Bogdana Wojtusia przewodniczącym Archidiecezjalnej Komisji ds. Budowy i Konserwacji Kościołów i Budynków Kościelnych. W ramach przygotowań do synodu powołana została 2.02.1995 r. Synodalna Komisja Przygotowawcza, jej przewodniczącym abp H. Muszyński mianował bpa B. Wojtusia. W zakres kompetencji tej komisji wchodziło wypracowanie schematu synodu i jego wizji, określenie zasad pracy i regulaminu synodu, a także podanie sugestii co do powoływania komisji roboczych synodu. Był on członkiem prezydium synodalnego oraz komisji ekspertów.

Bp B. Wojtuś brał też czynny udział w przygotowaniach do obchodów milenijnych archidiecezji - śmierci św. Wojciecha (1997 r.), jego kanonizacji (1999 r.) oraz ustanowienia metropolii (2000 r.), wchodząc w skład komitetu organizacyjnego. Odpowiedzialny był m.in. za duchowe przygotowanie wiernych do obchodów wspomnianych wyżej jubileuszy. Przy jego współudziale komitet wypracował program duszpasterski archidiecezji, przygotowujący jubileusz 1000-lecia męczeńskiej śmierci św. Wojciecha. Program ten obejmował teologiczno-pastoralne założenia, kontekst Wielkiego Jubileuszu 2000, pastoralne zadania bezpośredniego przygotowania do milenium męczeńskiej śmierci św. Wojciecha w latach 1995-2000 oraz inicjatywy towarzyszące programowi duszpasterskiemu. W toku przygotowań jubileuszowych podejmowano działania duszpasterskie na trzech płaszczyznach: nauczania, kultu uświęcającego i świadectwa wiary. Na każdy rok przewidziane było milenijne wotum: Dom Księży Emerytów w Gnieźnie, Dom Rekolekcyjny w Bydgoszczy, Fundusz Ochrony Życia, Pomnik św. Wojciecha w Inowrocławiu, konsekracja kościoła pw. św. Wojciecha w Wągrowcu, ołtarz, konfesja i tumba Św. Wojciecha w katedrze gnieźnieńskiej, a także replika relikwiarza głowy św. Wojciecha.

Jednym z elementów obchodów jubileuszowych metropolii i archidiecezji gnieźnieńskiej była wizyta Jana Pawła II w Bydgoszczy w czerwcu 1999 r. Dla jej przygotowania został powołany przez abpa H. Muszyńskiego Kościelny Komitet Podróży Apostolskiej Jana Pawła II. Patronat nad nim powierzony został bpowi B. Wojtusiowi. Z ramienia episkopatu bp B. Wojtuś był członkiem komisji ds. duchowieństwa i rodziny, a na forum diecezjalnym wchodzi w skład Rady Kapłańskiej oraz jest członkiem Kolegium Konsultorów archidiecezji gnieźnieńskiej.

Należy także dodać, że bp Bogdan Wojtuś, jako prepozyt kapituły prymasowskiej, podejmował wraz z członkami kapituły starania, aby tytuł prymasa Polski powrócił do arcybiskupów gnieźnieńskich. Zabiegi prepozyta, kapituły i wielu innych osób okazały się owocne, ponieważ papież Benedykt XVI zadecydował, by od 19.12.2009 r. tytuł prymasa Polski powrócił do arcybiskupa gnieźnieńskiego.