Stolica Polski, Warszawa, była bardzo ważnym punktem na trasie papieskich pielgrzymek do Ojczyzny. Chociaż nie zawsze, z braku czasu, Jan Paweł II mógł do niej przyjechać.
Swoją pierwszą pielgrzymkę do Polski w czerwcu 1979 r. Jan Paweł II zaczął właśnie od Warszawy. Z lotniska przejechał otwartym samochodem do katedry św. Jana na Starym Mieście. W Belwederze Ojciec Święty spotkał się z komunistycznymi władzami Polski, które reprezentowali Henryk Jabłoński i Edward Gierek. „Pozwólcie, że będę to dobro (Polskę) nadal uważał za moje dobro, że będę tak samo głęboko odczuwał mój udział w nim, jakbym nadal mieszkał na tej ziemi i był obywatelem tego państwa” - mówił wtedy Papież. George Weigel w biografii Jana Pawła II Świadek nadziei napisał, że słowa te były pragnieniem i ostrzeżeniem skierowanym równie wyraźnie do władz w Moskwie, jak i w Warszawie, i tak też zostały przez te władze odebrane.
Na placu Zwycięstwa (dziś J. Piłsudskiego), podczas uroczystej Mszy św., Jan Paweł II wygłosił pamiętne słowa: „Wołam ja, syn polskiej ziemi, a zarazem ja, Jan Paweł II - Papież, wołam z głębi tego tysiąclecia: Niech zstąpi Duch Twój! Niech zstąpi Duch Twój. I odnowi oblicze ziemi, tej ziemi!”.
Kolejna wizyta Papieża w Warszawie przypadła w trudnym roku 1983. Udręczone stanem wojennym społeczeństwo z niecierpliwością oczekiwało słów Ojca Świętego. 16 czerwca w katedrze św. Jana Papież oznajmił, że przybył aby „stanąć pod krzyżem Chrystusa” razem z rodakami, a zwłaszcza tymi, którzy „najboleśniej czują cierpki smak zawodu, upokorzenia, cierpienia, pozbawienia wolności, krzywdy, podeptanej godności człowieka”.
Podczas Mszy św. odprawionej na Stadionie Dziesięciolecia Papież mówił: „Przybyłem, zobaczyłem, Bóg zwyciężył”.
W 1987 r. Jan Paweł II otworzył i zamknął w Warszawie Krajowy Kongres Eucharystyczny, którego hasło brzmiało: Do końca ich umiłował. W czasie Mszy św. na placu Defilad pod Pałacem Kultury Ojciec Święty podkreślił, że Polska wciąż potrzebuje nowej ewangelizacji, podobnie jak cała chrześcijańska Europa.
W 1991 r. Papież przybył już do wolnej Polski. Na lotnisku witał Go wybrany w wolnych wyborach prezydent Lech Wałęsa. Tematem pielgrzymki był Dekalog. W warszawskiej homilii wygłoszonej w parku Agrykola Jan Paweł II przestrzegał, aby nie stwarzać fikcji wolności, która rzekomo człowieka wyzwala, a tak naprawdę zniewala i znieprawia. Warszawę Ojciec Święty określił „męczeńskim sanktuarium naszego narodu”.
Po 8 latach przerwy Jan Paweł II ponownie przybył do Warszawy w czerwcu 1999 r. W Sejmie Ojciec Święty spotkał się z parlamentarzystami, do których wygłosił owacyjnie przyjęte przemówienie. Największe oklaski rozległy się po słowach, że „wykonywanie władzy politycznej powinno być ofiarną służbą społeczeństwu, nie zaś szukaniem własnych czy grupowych korzyści”. „Ale nam się wydarzyło!” - powiedział na koniec spotkania Papież.
Podczas Mszy św. 13 czerwca na placu J. Piłsudskiego Ojciec Święty beatyfikował 108 Męczenników II wojny światowej. W homilii nawiązał do słów z 1979 r.: „Czyż nie jest odpowiedzią Boga na nasze wołanie to, co się w tym czasie dokonało w Europie i świecie, poczynając od naszej Ojczyzny?” - pytał retorycznie Jan Paweł II.
Tego samego dnia Ojciec Święty złożył pierwszą, historyczną wizytę w nowo utworzonej diecezji warszawsko-praskiej. Homilię wygłoszoną podczas nabożeństwa Słowa Bożego na placu przed katedrą św. Floriana Jan Paweł II poświęcił świętowaniu niedzieli. Wezwał, aby rodziny razem z dziećmi brały udział w Eucharystii, która jest znakiem jedności Kościoła. Przypomniał także, że wszyscy mamy ogromny dług wdzięczności wobec tych, którzy polegli w Bitwie Warszawskiej w 1920 r.
14 czerwca Jan Paweł II odleciał z Warszawy. Była to Jego ostatnia wizyta w tym mieście.