7 czerwca 1999 r. w trzecim dniu pielgrzymki do Ojczyzny Ojciec Święty spotkał się w Toruniu z wiernymi diecezji toruńskiej oraz przedstawicielami świata nauki. Do auli Uniwersytetu Mikołaja Kopernika przyszły delegacje najważniejszych ośrodków akademickich w Polsce, ponad 200 rektorów uczelni wyższych i kierowników instytucji naukowych oraz studenci. Ojciec Święty skierował do ludzi nauki półgodzinne wystąpienie, nawiązujące do treści encykliki Fides et ratio. „Wiara i rozum są jak dwa skrzydła, na których duch ludzki unosi się ku kontemplacji prawdy”... Przedstawiciele nauki podziękowali Ojcu Świętemu owacją na stojąco. Po udzieleniu naukowcom swego błogosławieństwa Jan Paweł II udał się na plac, gdzie oczekiwało na Niego ok. 300 tys. pielgrzymów.
„Błogosławiony, który przybywa w imię Pana” - witał Ojca Świętego bp Andrzej Suski, ordynariusz diecezji toruńskiej, w imieniu zgromadzonych. Biskup Toruński w obecności postulatora zwrócił się do Ojca Świętego o włączenie w poczet błogosławionych ks. Stefana Wincentego Frelichowskiego, który podczas II wojny światowej przeszedł męczeńską drogę w obozach koncentracyjnych i zmarł męczeńską śmiercią. Jednym z owoców tej beatyfikacji było utworzenie 9 września 1999 r. parafii pw. bł. ks. Stefana Wincentego Frelichowskiego na toruńskim Podgórzu. Podczas nabożeństwa czerwcowego Następca św. Piotra snuł refleksje związane z czynieniem pokoju. Prawdziwy pokój „wypływa z porządku nadprzyrodzonego, jest wynikiem zjednoczenia z Bogiem w miłości” - mówił Papież i na zakończenie dodał: „Budujcie cywilizację miłości w duchu prawdziwego dialogu”.