Od męczeńskiej śmierci św. Stanisława Szczepanowskiego Biskupa i Męczennika Skałka obok Wawelu pozostaje głównym centrum jego kultu, miejscem szczególnie ważnym dla dziejów i kultury polskiej. Jej wielkie znaczeniu w życiu narodu podkreśla m.in. fakt, że w przeddzień królewskich koronacji, począwszy od Władysława Łokietka (1320 r.), polscy władcy odbywali z Wawelu na Skałkę pokutną pielgrzymkę. W 1471 r., dzięki staraniom Jana Długosza, wybitnego kronikarza i historyka, lwowskiego arcybiskupa nominata, Skałkę oddano pod opiekę Ojców Paulinów. Zgodnie z życzeniem, Jan Długosz został pochowany Na Skałce (1480 r.), w pobliżu pierwotnego grobu św. Stanisława. Troszcząc się o to miejsce, synowie św. Pawła I Pustelnika w XVIII wieku wybudowali barokową świątynię. Pod kościołem w 1792 r. powstała jednonawowa krypta, częściowo wykuta w skale. W 1876 r. zrodził się projekt utworzenia w tym miejscu Krypty Zasłużonych. Inicjatorem pomysłu był profesor Uniwersytetu Jagiellońskiego Józef Łepkowski, który - w związku z przypadającą w 1880 r. 400. rocznicą śmierci Jana Długosza - poddał myśl ponownego pogrzebu sławnego dziejopisa.
Kryptę otwarto uroczyście 19 maja 1880 r., umieszczając w niej prochy Jana Długosza. Obok jego grobu w podziemiach kościoła jest 12 sarkofagów, w których spoczywają m.in. Wincenty Pol, Józef Ignacy Kraszewski, Teofil Lenartowicz, Adam Asnyk, Henryk Siemiradzki, Karol Szymanowski, Stanisław Wyspiański, Jacek Malczewski, Ludwik Solski i Czesław Miłosz.
W ostatnich latach powstał projekt rozbudowy Krypty Zasłużonych i stworzenia Panteonu Narodowego Na Skałce, który byłby jednocześnie ważnym ośrodkiem edukacji patriotycznej młodych Polaków oraz centrum spotkań intelektualistów z Polski i Europy.