W ostatnim czasie w kościołach często zauważa się dwa problemy w pracy i brzmieniu organów piszczałkowych. Pierwszy z nich to niska siła brzmienia w połączeniu z głośnym szumem dmuchawy, drugi to zjawisko tremolowania (wibrowania) dźwięku w przestrzeni kościoła mimo wyłączonego tremola w organach.
Przyczyną tak częstego występowania zjawiska osłabienia brzmienia organów jest spadek ciśnienia powietrza tłoczonego przez dmuchawę elektryczną, przy czym nie stwierdza się wówczas ubytków i wycieków powietrza w dziurach na kanałach czy miechu. Za ten stan rzeczy w wielu kościołach odpowiedzialni są elektrycy wymieniający w kościołach instalację elektryczną. Dochodzi często wówczas do podpinania nowych bezpieczników pod zamienione w kolejności fazy prądu zmiennego. Dla oświetlenia i nagłośnienia kościoła kolejność faz nie ma znaczenia. Jednak dla dmuchawy organowej jest to ważne. Otóż przy zamienionych fazach silnik dmuchawy kręci się w odwrotnym kierunku, wskutek czego łopatki wiatraka dmuchawy dostarczają do organów resztki wiatru powstałego we wstecznym ruchu. Wówczas miech będący rezerwuarem powietrza zazwyczaj prawie się nie podnosi, a organy grają bardzo słabo albo przestają grać.
Drugim zagadnieniem jest zjawisko tremolowania dźwięku w przestrzeni kościoła. Obserwuje się to od czasu wprowadzenia nowoczesnych mikrofonów pojemnościowych. Mają one tę zaletę, że zbierają falę dźwiękową z obszaru zbliżonego do kulistego, dzięki czemu zarówno mówca, jak i zespół czy chór są dobrze nagłośnieni. Problem w tym, że organy piszczałkowe, jak również elektroniczne mają własne źródło dźwięku w postaci piszczałek czy głośników. Fala głosowa rozchodząca się kuliście od instrumentu dochodzi do słuchacza, ze względu na odległość, z nieznacznym opóźnieniem. Im kościół większy (dłuższa nawa), tym słuchacz na falę dźwiękową, płynącą z organów, dłużej czeka (od ułamków sekundy do kilku sekund). Odczuwa się to jako rozmycie dźwięku, co wraz z wtórnymi odbiciami od ścian i sklepień daje efekt zwany pogłosem. Na pogłos ten zostaje nałożona fala dźwiękowa organów, przechwycona przez mikrofony pojemnościowe i wyemitowana przez nagłośnienie mikrofonowe. W rezultacie słuchacz odbiera jakby dwa instrumenty prawie jednocześnie brzmiące: ten rzeczywisty i ten z głośników mikrofonowych krótko potem (w ułamku sekundy), co daje efekt wibracji, falowania dźwięku albo niestrojenia instrumentu. Przy stosowaniu mikrofonów dynamicznych, powszechnie używanych dawniej, to zjawisko nie występowało. Mamy więc konflikt celu i przeznaczenia instrumentu w zestawieniu z funkcjami użytkowymi elektroniki. Przy stosowaniu nowoczesnej aparatury w kościołach warto wziąć ten konflikt pod uwagę.