Aby jak najlepiej przygotować się na to wydarzenie, wnętrze bazyliki zostanie gruntownie oczyszczone i odnowione. Świątynia nie była remontowana od 7 października 1953, gdy oddano ją do użytku wiernych. W ciągu ponad 60 lat jej wnętrze pociemniało i wiele znajdujących się w środku elementów wymaga renowacji.
Podstawowe prace będą miały charakter konserwacyjny. Dołączy do nich wymiana oświetlenia i nagłośnienia bazyliki. Przewiduje się również polepszenie bezpieczeństwa pielgrzymów, w tym dostępności dla niepełnosprawnych. Sanktuarium chce ponadto poprawić dostęp wiernych do grobów błogosławionych Hiacynty i Franciszka Marto, m.in. stworzyć miejsce, umożliwiające pielgrzymom modlącym się przy grobach Pastuszków większe skupienie i wyciszenie.
Prace remontowe rozpoczną się 14 maja 2014, nazajutrz po obchodach 97. rocznicy pierwszych objawień i mają się zakończyć pod koniec roku 2015. W związku z tym codzienne Msze św., sprawowane w bazylice, zostaną przeniesione do Kaplicy Śmierci Jezusa w podziemiach bazyliki Trójcy Świętej. Władze sanktuarium zapewniają, że przez cały czas remontu pielgrzymi będą mieli dostęp do grobów błogosławionych pastuszków, z wyjątkiem takich sytuacji, gdy względy bezpieczeństwa będą wymagać zamknięcia dostępu do tego miejsca.