Mieszczanie Bartłomiej i Mikołaj Przybyłowie wybudowali w roku 1589 na wzgórzu Plebanka nieduży kościół pw. Zwiastowania Najświętszej Maryi Panny, który konsekrował sufragan krakowski bp Paweł Dębski 11 sierpnia 1591 r. W 1627 r. przy tym kościele osiedlili się reformaci, zaproszeni przez Henryka Firleja, opata tynieckiego, późniejszego biskupa przemyskiego. Zakonnicy powiększyli kościół, dobudowując prezbiterium z chórem zakonnym oraz przedłużając nawę; zakrystię zaś przerobili na kaplicę św. Rocha i św. Sebastiana. Klasztor wznoszono etapami w latach 1639-1668.
Kościół i klasztor uległy poważnemu zniszczeniu w czasie pożaru 27 czerwca 1827 r. Odnowiony po tym wydarzeniu kościół przybrał w bryle wiele cech ówczesnego stylu - klasycyzmu. W roku 1865 klasztor zamknięto, a zakonników przewieziono do Pińczowa. Powrócili do Kazimierza dopiero w roku 1928. W okresie okupacji (od października 1942 r. do lipca 1944 r.) klasztor zajmowało gestapo, a piwnice zamieniono na więzienie. Zakonnicy mieszkali w mieście i obsługiwali kościół. W latach 1945-1958 w części klasztoru mieścił się internat dla chłopców szkół średnich.
Kościół zachował wystrój pierwotny, łącznie z balustradą okalającą boczne ołtarze oraz chórem dla zakonników za ołtarzem. Główny ołtarz w szacie dzisiejszej został wykonany w roku 1770 przez Walentego Charytańskiego (rzeźby) i Wojciecha Wnukiewicza (roboty stolarskie) według projektu architekta Tomasza Hoffmana; odrestaurowany w 1986 r. Ostatnio są prowadzone prace remontowe i konserwatorskie w kościele i klasztorze.
Obraz Zwiastowania Najświętszej Maryi Panny w ołtarzu głównym, malowany olejno na desce, pochodzi z 1600 r. Jest czczony od wieków jako łaskami słynący, został ozdobiony koroną papieską 31 sierpnia 1986 r. w Wąwolnicy, w czasie V Ogólnopolskiego Kongresu Mariologicznego i Maryjnego. Odpust upamiętniający rocznicę koronacji obchodzi się w pierwszą niedzielę sierpnia.
Na uwagę zasługuje też obraz św. Antoniego, malowany przez Wojciecha Jaszczołda. Autorów pozostałych obrazów ołtarza nie znamy. Zakrystię umeblował brat Efrem Karecki (1771 r.). Wartość zabytkową przedstawiają żelazne, kute drzwi (1589 r.), pochodzące z pierwotnego kościoła. Mury okalające kościół i klasztor oraz schody wystawiono z funduszu Piotra Cieszkowskiego, późniejszego brata zakonnego, zmarłego w Kazimierzu w 1709 r. Na korytarzu znajduje się zegar szafkowy z datą 1763 r., ozdobiony obrazem Zwiastowania - dzieło brata Joachima Gutowicza.
W roku 1956, staraniem o. Wenantego Miziniaka, w klasztorze powstało muzeum, którego eksponaty obejmują: rękopisy, starodruki, dawne rzeźby i obrazy oraz relikty regionalne z okolic Kazimierza.
Zakon Braci Mniejszych służy pomocą wszystkim przybywającym do sanktuarium. Zakonnicy głoszą rekolekcje, misje ludowe, pomagają w okolicznych parafiach, przyjmują pielgrzymki. Co roku, 25 marca ma miejsce Pielgrzymka Osób Konsekrowanych z archidiecezji lubelskiej. Przy klasztorze działa kuchnia dla biednych im. św. Franciszka z Asyżu.
Kościół klasztorny jest miejscem nabożeństw patriotycznych; wokół niego powstały pomniki i tablice, upamiętniające ważne wydarzenia historyczne, m.in. "Krwawą środę" (18 listopada 1942 r. poniosło śmierć ok. 140 osób z rąk Niemców w odwet za akcję partyzantów), "Cudu nad Wisłą" (1920 r.) oraz udział miejscowych zakonników w powstaniu styczniowym.

Więcej informacji można znaleźć pod adresem internetowym: www.ofm.krakow.pl