Duże zmiany personalne w rzeszowskim Seminarium Duchownym dokonały się w 1999 r.
Nastąpiła wtedy niemal całkowita wymiana kadry wychowawczej. Z jej grona odeszli: rektor ks. W. Szurek, ojciec duchowny ks. W. Jagustyn oraz prefekci - ks. A. Cypryś i ks. W. Sopel. Ich miejsce zajęli natomiast: ks. dr Jerzy Buczek, który został rektorem uczelni, ks. mgr inż. Mieczysław Barć, mianowany ojcem duchownym oraz księża - ks. mgr Bogusław Przeklasa i ks. dr Krzysztof Tyburowski, ustanowieni prefektami alumnów. W roku 2000 ks. S. Mazura na stanowisku ojca duchownego zastąpił ks. mgr Jan Prucnal, ks. J. Wolaka na urzędzie dyrektora administracyjnego - ks. mgr Stanisław Kogut, a ks. Bogusława Przeklasę nowy prefekt - ks. mgr Andrzej Widak. Lata następne przyniosły kolejne zmiany. W 2001 r. z Seminarium odszedł ks. P. Pietrusiak, który wyjechał na misje do Czadu, zaś nowym, trzecim ojcem duchownym został ks. dr Stanisław Kamiński; w 2002 r. ks. S. Koguta na stanowisku dyrektora administracyjnego zastąpił ks. mgr lic. Tadeusz Pindara, z grona wychowawców odszedł ks. J. Prucnal, a nowym prefektem został ks. dr Andrzej Sołtys; w 2004 r. ks. A. Widak awansował na urząd wicerektora Seminarium, a w jego miejsce prefektem został ks. dr Marek Dzik. Z powyższego wynika, iż w ciągu minionych 12 lat nastąpiła całkowita wymiana kadry wychowawczej.
Duża fluktuacja kadr dokonała się w tym czasie także w składzie kolegium profesorskiego. Początkowo, z braku odpowiedniej liczby własnych wykładowców, prócz miejscowych zajęcia dydaktyczne w Seminarium prowadzili profesorowie z Tarnowa, Przemyśla, Sandomierza i Lublina, m.in. ks. dr Michał Bednarz, ks. dr Piotr Gajda, ks. prof. dr hab. Józef Homerski, ks. dr Jacek Łapiński, s. dr Teresa Okulicz OSU, ks. prof. dr hab. Stanisław Potocki, ks. dr Józef Sroka, ks. dr Władysław Szewczyk, ks. dr Zbigniew Wolak. Później, w miarę powrotu księży rzeszowskich ze studiów specjalistycznych, sukcesywnie wzrastała liczba wykładowców z Rzeszowa. W roku akademickim 2003/2004 spoza diecezji było już tylko czterech profesorów. W gronie profesorskim rzeszowskiego Seminarium były zaangażowane także osoby świeckie, związane z uczelniami bądź szkołami Rzeszowa, m.in.: prof. dr hab. Jerzy Bajorek, mgr Zofia Kusio, mgr Stanisław Szawan, dr Lucyna Żbikowska.
W minionym okresie studia seminaryjne trwały 6 lat i obejmowały 2 zasadnicze kierunki: filozofię i teologię. W ramach pierwszego nauczano przede wszystkim: logiki, teorii poznania, historii filozofii, metafizyki, antropologii filozoficznej, kosmologii, teodycei, etyki, filozofii religii, zaś drugiego - historii zbawienia, egzegezy Starego i Nowego Testamentu, teologii dogmatycznej, teologii moralnej, teologii fundamentalnej, liturgiki, teologii pastoralnej, katechetyki, homiletyki, patrologii, historii Kościoła, prawa kanonicznego, katolickiej nauki społecznej, historii sztuki, ekumenizmu, śpiewu kościelnego. Program nauczania obejmował nadto: psychologię, pedagogikę, literaturę religijną, lektoraty języków obcych oraz wykłady monograficzne i ćwiczenia pastoralne. 6-letnie studia odbywane w Wyższym Seminarium Duchownym w Rzeszowie, od 1994 r. afiliowanym do Papieskiej Akademii Teologicznej w Krakowie, wieńczył stopień naukowy magistra teologii.
Ważną sferą wychowania alumnów jest formacja duchowo-pastoralna, której celem jest ich przygotowanie do podjęcia obowiązków duszpasterskich. Pomocnymi w niej narzędziami są różnego rodzaju praktyki duchowne (rozmyślanie, modlitwa indywidualna, Eucharystia, rachunek sumienia, nabożeństwa, cykliczne rekolekcje) oraz ćwiczenia pastoralne (np. katechetyczne, homiletyczne). Swoistymi etapami tej formacji są: obłóczyny i lektorat (na III roku studiów), akolitat (na IV roku), kandydatura (na V roku) i święcenia diakonatu (na roku VI). Formację seminaryjną wieńczy sakrament kapłaństwa. Do roku 2004 wyświęcono 236 wychowanków Wyższego Seminarium Duchownego w Rzeszowie.
W całokształt formacji seminaryjnej włączone są także inne dziedziny życia społecznego, m.in. dobroczynność, duszpasterstwo, kultura, sport, a także publicystyka. Ta ostatnia przejawia się w regularnym wydawaniu od 1994 r. pisma seminaryjnego Znak Łaski, redagowanego przez alumnów.
Wyższe Seminarium Duchowne w Rzeszowie istnieje dopiero 12 lat, ale w swej krótkiej historii było miejscem wielu ważnych wydarzeń, jak np. obrady 284. Konferencji Episkopatu Polski (13-14 września 1996 r.). Tego typu fakty świadczą, że Seminarium Duchowne w Rzeszowie z jednej strony nawiązuje do bogatych tradycji pastoralno-naukowych Kościoła polskiego, zaś z drugiej - tworzy własną specyfikę, uwidaczniającą się w umiłowaniu pobożności i nauki. Uczelnia ta wpisuje się też pozytywnie w dzieje rzeszowskiego szkolnictwa wyższego.