Aktywność biskupa Wojtyły bardzo nie podobała się komunistycznym władzom, które wprost nazwały ją gwałceniem prawa, wprowadzaniem sztucznych podziałów na wierzących i niewierzących, rozbijaniem jedności społecznej i politycznej. Biskupia praca szybko więc doczekała się politycznego potępienia. W istocie jednak były to bezpodstawne oskarżenia wobec duszpasterskich działań bp. Wojtyły, który jako osoba publiczna miał prawo mówić głośno i działać na rzecz poszanowania praw Kościoła i osób wierzących. Bronił m.in. wierzących rodziców, aby mogli posyłać swoje dzieci do Pierwszej Komunii św., co spotykało się z wrogą reakcją partyjnych przełożonych w pracy.
Początkowo z pewnym niedowierzaniem w możliwości duszpasterskie nowego Biskupa odnosili się księża proboszczowie. Uważali, że Wojtyła, profesor i filozof, nie będzie umiał nawiązać kontaktu z prostym ludem. Wkrótce jednak przekonali się, że nikt poważniej od niego nie przygotowuje się do wizytacji, stara się zostać zrozumiany przez każdego, broni wszystkich, którym dzieje się jakakolwiek krzywda.
Po śmierci abp. Eugeniusza Baziaka kapituła krakowska wybrała jednogłośnie 16 lipca 1962 r. bp. Wojtyłę wikariuszem kapitulnym, a więc faktycznie rządcą osieroconej metropolii krakowskiej. Miał wówczas 42 lata, należał do grona Ojców Soborowych. Jednak dopiero dwa lata później, 30 grudnia 1964 r., władze komunistyczne wyraziły zgodę na wyniesienie go do godności arcybiskupa metropolity krakowskiego. Papież Paweł VI napisał w bulli nominacyjnej, że "ma uważać na swój skarb, który ma strzec (...) z miłością, gorliwością i największym staraniem".
Któż lepiej mógł w tym czasie rozumieć papieskie polecenie. Najmłodszy biskup w Polsce i chyba wówczas na świecie, najmłodszy metropolita wiedział doskonale, jakim skarbem była diecezja św. Stanisława ze Szczepanowa, męczennika i patrona Polski. A sytuacja Kościoła wcale nie wydawała się lepsza niż przed 900 laty. Po wielkich procesach i aresztowaniach księży w latach pięćdziesiątych stosunki państwo-Kościół nadal były napięte. Mimo sprzeciwu władz Prymas Tysiąclecia - Stefan Kardynał Wyszyński przygotowywał Kościół w Polsce do Millennium, a kulminacyjnym elementem obchodów miała być peregrynacja kopii Cudownego Obrazu Matki Bożej Jasnogórskiej po wszystkich parafiach kraju. W tej niezwykle trudnej sytuacji nowy Arcybiskup krakowski solidarnie dzielił troski całego Episkopatu, stał przy nieustraszonym Prymasie, zabiegał o duszpasterski rozwój własnej metropolii, czego wyrazem był rozpoczęty Synod Krakowski - najważniejszy element uczczenia przypadającego w 1979 r. jubileuszu 900-lecia męczeńskiej śmierci św. Stanisława. Czy mógł wówczas przypuszczać, że będzie uczestniczył w tym jubileuszu jako Następca św. Piotra, Głowa Kościoła powszechnego?
Jeszcze można wspomnieć, że po Soborze Watykańskim II przyszła dla abp. Wojtyły nominacja na kardynała. Publicznie została ogłoszona 29 maja 1967 r. Nie była dla nikogo zaskoczeniem, wszak stało się tradycją, że pasterzy Kościoła krakowskiego oblekano w purpurę godności kardynalskiej. Wróciwszy z Rzymu po uroczystym przyjęciu biretu kardynalskiego, co miało miejsce w Watykanie 29 czerwca tegoż roku, kardynał Wojtyła powiedział w Katedrze Wawelskiej wymowne słowa: " Przybywam od grobu św. Piotra do grobu św. Stanisława z nowymi obowiązkami, z nową odpowiedzialnością. (...) Więc jeszcze bardziej mam Wam służyć, mam służyć całemu Kościołowi w Polsce, mam służyć całemu Kościołowi Chrystusowemu na ziemi, służyć w szczególny sposób Wam". W tych słowach zawiera się istota kapłańskiego powołania ks. Wojtyły, od prostego wikarego z Niegowici po Głowę Kościoła powszechnego. Służba. Wierna służba. Solidarność dzielona ze wszystkimi kapłanami świata, wyrażająca się w posłudze ołtarza, konfesjonału i ambony. Solidarność w kapłańskim stylu życia, naznaczonym świętym celibatem.
Jako kardynał walczył w archidiecezji o budowę 77 nowych świątyń, protestował przeciw poborowi kleryków do wojska, apelował do władz o swobodę nauczania religii, pisał listy do kapłanów. W liście z 1973 r. czytamy: "Prawa obywatelskie nie są po to, żeby nimi dowolnie manipulować, tylko są po to, żeby obywatele mogli mieć poczucie bezpieczeństwa w zakresie istotnych uprawnień (...)".
Stale myśląc o swoich kapłanach, założył kard. Wojtyła w Krakowie Papieską Akademię Teologiczną, która zajęła miejsce zamkniętego przez władze w 1954 r. Wydziału Teologicznego Uniwersytetu Jagiellońskiego. Zacieśniał również więzy z papieżem Pawłem VI, będąc członkiem trzech ważnych dykasterii rzymskich: Kongregacji ds. Duchowieństwa, ds. Kultu Bożego i Dyscypliny Sakramentów oraz Kongregacji ds. Wychowania Katolickiego. Pełnił także rolę konsultora w Papieskiej Radzie ds. Świeckich. Był więc częstym i znanym gościem w Watykanie, liczącą się osobą w różnych ważnych gremiach. Docenił to Paweł VI, powierzając kard. Wojtyle w marcu 1976 r. prowadzenie tygodniowych rekolekcji w Watykanie. Zatytułował je: Znak sprzeciwu.

CDN.